嘉兴市专科医院排行榜中表现突出的医疗机构包括嘉兴市第一医院、嘉兴市第二医院、嘉兴市妇幼保健院、嘉兴市中医院、嘉兴市康慈医院等。这些医院在各自专科领域具备较强的技术实力和服务水平，能够满足不同患者的就医需求。其中嘉兴市第一医院作为综合性三甲医院，多个专科在浙北地区享有较高声誉；嘉兴市第二医院在神经内科和骨科领域具有明显优势；嘉兴市妇幼保健院则是全市妇产儿科诊疗中心，年分娩量长期位居全市。
嘉兴市第一医院创建于1920年，是嘉兴地区历史悠久的三级甲等综合医院。医院设有43个临床科室和12个医技科室，其中感染病科为国家临床重点专科，肝胆外科、呼吸内科、心血管内科为浙江省医学重点学科。医院拥有3.0T磁共振、256层螺旋CT等设备，年门急诊量超过200万人次。在疑难重症救治方面，医院开展的心脏介入手术、肝癌综合治疗等技术达到省内水平。医院同时承担嘉兴学院医学院的教学任务，是住院医师规范化培训基地。
嘉兴市第二医院作为浙江省三级甲等综合医院，在神经系统疾病和骨关节疾病诊疗方面形成显著特色。医院卒中中心通过国家高级卒中中心认证，急性脑梗死静脉溶栓数量连续多年位列全省前列。骨科开展的人工关节置换术年手术量超过800例，脊柱微创手术技术成熟。医院建有省级重点实验室1个，市级重点实验室3个，拥有PET-CT、手术机器人等高端医疗设备。近年来医院在智慧医疗建设方面成效显著，率先实现全院级电子病历系统应用。
嘉兴市妇幼保健院是浙北地区规模大的三级甲等妇幼专科医院，年分娩量持续保持在1.5万例以上。医院产科设有家庭化产房、LDR一体化产房等特色服务，新生儿科NICU床位达60张，危重新生儿救治成功率98%以上。妇科开展各类腔镜手术占比超过85%，生殖医学中心试管婴儿临床妊娠率稳定在55%左右。儿童保健科提供从新生儿到青春期的全程健康管理服务，儿童早期发展干预中心为省级示范单位。医院连续多年获得全国母婴友好医院称号。
嘉兴市中医院作为三级甲等中医医院，坚持中西医并重的发展方向。医院针灸推拿科为国家重点专科，中药制剂室生产院内制剂56种。康复医学科配备全市完善的传统康复治疗设备，中风后遗症康复治疗形成特色优势。治未病中心开展体质辨识和健康干预服务，年服务量超过2万人次。医院建有GPP标准的中药房，提供个性化膏方调理服务。在保持中医特色的同时，医院现代诊疗技术同步发展，能够开展各类四级手术。
嘉兴市康慈医院是嘉兴市的精神卫生专科医院，承担全市精神疾病防治和技术指导工作。医院开设7个精神科病区，开放床位600张，年出院患者超过4000人次。临床心理科开展认知行为治疗、沙盘治疗等心理治疗方法，睡眠障碍诊疗中心配备多导睡眠监测系统。医院精神康复科设有农疗、工疗等多种康复训练项目，帮助患者恢复社会功能。作为嘉兴市心理援助承办单位，医院年接听心理咨询超1.5万次。
