流感疫苗可能出现轻微，严重过敏反应较为罕见。接种流感疫苗后常见局部红肿、低热或乏力，通常1-2天自行缓解；极少数可能出现速发型过敏反应，需立即就医处理。
流感疫苗接种后约10%-30%人群可能出现注射部位疼痛、发红或轻度肿胀，属于机体正常免疫应答反应。部分人群可能伴随37.5℃-38.5℃低热、头痛或肌肉酸痛等全身症状，这些反应多在24-48小时内消退。儿童接种后偶见食欲减退或嗜睡现象，通常无须特殊处理。现有灭活疫苗不含活病毒，不会导致流感病毒感染。
速发型过敏反应发生率低于百万分之一，表现为接种后数分钟至半小时内出现荨麻疹、喉头水肿或呼吸困难等症状。有鸡蛋严重过敏史或既往疫苗过敏者风险略高。格林巴利综合征等严重神经系统并发症与流感疫苗的关联性尚未明确，现有研究显示其发生概率极低。疫苗接种后若出现持续高热、抽搐或意识障碍等异常表现需及时就医。
接种后应在现场留观30分钟，出现不适立即告知医护人员。日常避免抓挠注射部位，发热时可物理降温。若出现严重过敏反应需立即使用肾上腺素自动注射器并呼叫急救。建议接种前如实告知过敏史和健康状况，免疫功能低下者需医生评估后接种。
