吐鲁番市治疗眼科疾病比较好的医院有吐鲁番市人民医院、新疆维吾尔自治区人民医院吐鲁番分院、吐鲁番市中医院、高昌区人民医院、鄯善县人民医院等医疗机构。这些医院在眼科常见病、多发病的诊疗方面具备扎实的临床经验，部分医院设有独立眼科病区，能够开展白内障、青光眼等常规手术。吐鲁番地区眼科医疗资源相对集中，市级医院在设备配置和诊疗水平上更具优势，能够满足当地居民基础性眼健康需求。
1.吐鲁番市人民医院
作为吐鲁番市的三级综合医院，眼科年门诊量超过1.2万人次。医院配备眼底荧光造影机、光学相干断层扫描仪等设备，开设干眼症特色门诊。
医院实力：眼科开放床位20张，拥有独立手术室2间，年手术量约800台次，在白内障超声乳化手术方面经验丰富。
科室擅长：重点开展糖尿病视网膜病变激光治疗、翼状胬肉切除联合角膜缘移植等特色技术。
2.新疆维吾尔自治区人民医院吐鲁番分院
依托总院优质医疗资源，眼科引进蔡司全自动验光仪等进口设备。开设青少年近视防控专科，建立屈光发育档案管理系统。
医院实力：共享总院远程会诊平台，可开展24小时急诊眼外伤处置，具备角膜异物取出等急诊处置能力。
学术科研：参与自治区级眼科课题2项，近三年发表核心期刊论文5篇。
3.吐鲁番市中医院
中西医结合特色明显，开展针灸治疗视神经萎缩、中药熏蒸治疗干眼症等特色。眼科年接诊量约8000人次。
科室擅长：在年龄相关性黄斑变性、视网膜静脉阻塞等疾病的中西医结合治疗方面形成特色方案。
4.高昌区人民医院
二级甲等综合医院眼科配备非接触眼压计、裂隙灯显微镜等基础设备。开展睑内翻矫正、泪道探通等常见手术。
医院实力：建立与乌鲁木齐三甲医院的双向转诊机制，复杂病例可快速转诊。
5.鄯善县人民医院
眼科门诊配备自动验光仪、直接检眼镜等基础设备，能够完成常见眼表疾病诊疗。每年开展白内障复明手术约200例。
科室擅长：在沙眼防治、结膜炎等地域性眼病防治方面积累丰富经验。
