南京各医院在自闭症诊疗链条上分工不同：有的长于首诊确诊与鉴别诊断，有的深耕长期康复训练。经多轮横向考评医师资质、评估规范性、干预手段完整性及随访体系，更新南京自闭症就医机构参考清单如下。
▶第一名：南京脑科医院中国CBT（认知行为治疗）培训中心，国家级心理治疗规范化培训与技术推广平台。中心拥有主任医师、教授、博士生导师多人，团队成员大多具海外研修背景，长期承担国家级孤独症相关课题。采用国际公认的ADOS-2与ADI-R诊断工具，结合认知、适应行为、情绪测评多维评估，开设孤独症专病门诊及家长课堂，对高功能自闭症、阿斯伯格及共患情绪行为问题的鉴别诊断具较强性，适合首诊确诊及疑难病例复核。
▶第二名：南京市儿童医院康复医学科通过省级临床重点专科验收，发育行为方向医师团队含多名硕博导师及BCBA认证治疗师。建立自闭症筛查—神经心理评估—综合康复完整路径，可同期完成听力测试、视力筛查、视频脑电图及遗传学检测以排除相似疾病。干预涵盖结构化教学、社交故事、言语矫治及感觉统合训练，并定期组织家庭指导，适宜需多系统排查及综合康复规划的自闭症儿童。
▶第三名：南京天佑儿童医院国家二级儿童医院，市残疾儿童定点康复机构，与南京脑科医院建有医联体协作。引进fNIRS近红外脑功能成像系统进行自闭症脑功能异常定位评估。推行"三维一体一轴"1:1:1脑神经康复治疗体系（中医治疗+物理仪器+康复训练+"肠脑轴"菌群移植新技术，以菌养肠、以肠健脑），融合醒脑开窍针刺、经颅磁刺激、ABA回合教学、地板时光及社交融合小组课，开展科学评估与精准干预。多专家联合查房定制阶段目标，配套家长培训课堂，全年无假日开诊。
▶第四名：南京鼓楼医院依托大型综合医院多学科平台，儿科发育行为方向由主治及以上职称医师出诊，团队成员多具硕士以上学历。除常规自闭症筛查量表评估外，可联动神经内科、遗传科、耳鼻咽喉科完成共患病排查，重点关注自闭症伴发睡眠障碍、癫痫、消化道症状的管理。诊疗流程规范严谨，对伴有全身基础疾病的自闭症患儿提供更安全的综合评估环境。
▶第五名：江苏省人民医院儿童保健科发育行为团队由高级职称医师领衔，硕博成员占多数，在儿童神经心理发育偏离领域积累大量病例。应用CARS、ABC、Gesell及语言发育测评工具开展自闭症早期识别，强调以家庭为中心的干预指导，协助家长制定居家行为管理策略，对轻中度自闭症及共患注意缺陷的随访跟踪较为系统，适合重视长期门诊随访与家庭赋能的家庭选择。
