南方医院神经内科创建于1962年，1982年被高教部批准为硕士学位授予点，2000年获博士学位授予权。是广东省神经病学专业的两个博士点之一，现为博士后流动站，是《国际脑血管病杂志》的主办单位，在国内学术界享有一定的声誉。现有床位62张，其中NICU8张，普通病房58张。主系列人员18人，其中博士11人，高级职称6人，中级职称6人，博士导师1人，硕士导师3人。科室创建人郑健仲教授曾任中华医学会广东省分会神经内科学会第一届副主任委员，第二、三届主任委员，第四届名誉主任委员，享受政府特殊津贴，主编的《神经病诊断学》一直是神经内科医师的工具书。杨文俊教授享受政府特殊津贴，是国内著名的神经精神疾病和神经电生理专家。陆兵勋教授是现任中华医学会广东省分会神经内科学会神经病理组的组长，曾在国内首先发现并报道了海洛因海绵状白质脑病。以临床为根本，是该科一直以来的建科宗旨。目前科内拥有电脑导航立体定向仪、纤维型脑室镜、无创和有创颅内压监测、诱发电位监护仪、脑电监护仪、经颅多普勒、脑电图仪、肌电图仪、诱发电位仪、双视频脑电图等高端设备，经过多年的积累在昏迷监护和脑保护、疑难病的诊治、脑血管病、多发性硬化、脑膜炎、脑炎、缺血缺氧性脑病、肝豆状核变性、肌病、神经心理和神经电生理等方面形成了一定的特色。在科研上曾承担了国家863课题、国家自然科学基金、广东省自然科学基金、广东省、广州市等重点攻关课题等多项课题。曾获广东省科技进步二等奖1项。教学上每年招收硕士和博士生10人以上，并承担了本科生神经病学和精神病学的教学工作，参编了全国临床医学七年制、八年制《神经病学》统编教材。
拥有封闭式重症病房150平方米，床位8张，现有专职医师6名，专职护士15人，具有床边TCD、诱发电位监护仪、脑电图监护仪、颅内压监测仪、脑水肿监测、血管内亚低温治疗仪、经颅超声、立体定向仪、脑室镜等超过400万的设备，开展了颅压、脑血流、脑功能和脑结构监护和血管内低温治疗，在脑出血、大面积脑梗塞、癫痫持续状态、缺血缺氧性脑病、重症病毒性脑炎等危重神经系统疾病的诊治和最小意识状态的促醒上具有一定的特色，多次抢救成功陷于深昏迷状态的重危患者。
科室自92年来开展脑出血的微创治疗，是国内最早开展脑出血微创治疗的单位之一。微创治疗不仅降低了费用，避免了外科手术对脑组织的损害，而且明显缩短了住院时间，改善了预后。目前科室结合电脑导航立体定向仪及纤维型脑室镜，明显提高了血肿清除率，降低了再出血的机会，使微创治疗的效果再上了一个台价。近年来科室不仅成功治疗了出血量超过100ml的壳核出血患者，而且还成功治疗了过去视为禁区的出血量在10ml以上的脑干出血患者，达到国内外先进水平。
科室08年率先在华南地区购进了血管内亚低温治疗仪，该设备能在2-4小时内将大脑温度降至32－34度，从而有效的对脑组织起到保护作用，对心脏骤停引起的缺血缺氧性脑病、恶性颅高压、中枢性高热、大面积脑梗塞具有良好的效果。尤其是结合有创颅压监测，明显的减少了复温后反弹，是华南地区唯一掌握该技术的医院。
危重患者难以进行一些常规的影像检查，如CT和MRI等，使得医师无法及时了解神经系统疾病重症患者的病情变化。科室在国内率先开展了经颅超声脑监测，该设备能及时了解脑室扩大、中线移位、颅内压、脑血流和脑血肿的吸收等情况，使得医师能及时根据监测情况制定治疗计划。如利用经颅超声能及时了解大面积脑梗塞的中线移位的进展情况，及时进行开颅减压手术或血管内低温治疗。
科室参与了十五、十一五攻关课题，在国内较早开展了卒中病人规范化治疗，开展了缺血性卒中的溶栓治疗，卒中风险因素的评估，形成了一级预防、治疗、康复、二级预防一体的综合防治体系。
多发性硬化是一种反复发作性疾病，不典型病例诊断困难，目前国内外尚不能更治。科室自05年起与澳大利亚多发性硬化中心建立了协作关系，互派人员定期进行学术交流一次，并派人员多次参加国际多发性硬化会议，经过近几年的总结和学术交流，在多发性硬化的诊治上积累了一定的经验。
新型隐球菌脑膜炎死亡率高，科室自80年代开始不断总结治疗经验，近年来形成了一套综合治疗方案，自05年来科室新型隐球菌脑膜炎的治愈率达79.1%，在国内居先进水平。
科室拥有独立的实验室，实验室面积200平方米，可以开展细胞培养、神经病理、肌肉、神经、脑组织活检、神经电生理、部分分子生物等方面的研究工作。借肋于电脑导航立体定向仪、脑室镜，科室可以在立体定向下进行脑活检，借助科室的实验室条件，重点开展了神经病理和脑脊液检测等方面的工作，对诊断肌病、神经遗传病、颅内感染和脑白质病变等疑难病具有一定的特色，是国内目前开展了神经病理检查的单位之一。近来年科室诊治了铊中毒、血卟啉病、肥大性下橄榄核变性、危重病神经肌病、可逆性后部脑白质病变综合征、线粒体脑肌病、发作性共济失调、运动诱发肌张力障碍等疑难病。
