南方医院中医内科，是卫生部表彰的全国综合医院中医药工作示范单位、国家中医药管理局中医脑病、中医肾病重点学科，中医慢性头痛、风湿病重点专科；是广东省高校重点学科（中西医结合临床学科），2007年被评为国家教育部中西医结合临床重点学科，是国家食品药品监督管理局中药新药临床研究组成机构之一，国家中医药管理局中医脑病急症协作组成员单位之一；是中西医结合医学一级学科博士、硕士学位授权点、博士后流动站。
中医科技术力量雄厚，有一支年富力强的专家团队，拥有正教授、主任医师7人，副教授、副主任医师3人，讲师、主治医师1人，助教、医师4人，在读博士后、博士、硕士研究生40余人，多次主办国际和国内大型学术会议。科室有多人担任国内外各级学术团体重要职务，分别在亚健康、肾病、脑病、风湿病等专业委员会担任主任、副主任委员职务。
中医科有50张床位，主要收治脑病、肾病、风湿病、胃肠道疾病以及中晚期肿瘤等各类疾病。以中医、中西医结合的理论与方法，现代辨病与中医辨证相结合，药物治疗与心理治疗相结合，中药治疗与针灸治疗相结合，内服与外用治疗相结合，以提高临床疗效为核心，将各种有效的治疗方法与途径合理有序地应用于具体病人、具体疾病的综合集成疗法，获得良好疗效。年收治病人数超过1000人次，门诊量超过50000人次。在广东、中南地区及港、澳、台地区、东南亚有较大影响，连续五年实现科室零投诉，受到医院表彰。科室专家承担国家863项目1项，国家自然科学基金课题6项，面上课题近50项。出版专著60余部，发表科研论文500余篇。研制有正天丸、正天胶囊、急泻康、珍茸补骨颗粒等新药。荣获集体三等功1次等荣誉。
中医科在以下三大领域形成了明显的技术优势及专业特色：
国家中医药管理局重点学科，中西医结合医学一级学科博士授权点的主干学科，是国家药监局药品临床研究机构的方向之一（中医脑病），国家中医药管理局中医脑病急症协作组成员单位之一。
学科特色：提出慢性头痛多瘀、多风、多湿、多虚的病机特点，研制了正天丸、新正天丸（正天胶囊）等一系列新药治疗偏头痛；提出阳升风动的癫痫病机，从肝立论，应用柴胡疏肝汤抗癫痫。
学科带头人陈宝田教授、博士生导师、全国中医脑病专业委员会顾问，广东省中西医结合疼痛专业委员会主任委员。
国家中医药管理局重点学科，国家教育部中西医结合临床重点学科，广东省中西医结合临床重点学科及中西医结合医学一级学科博士授权点的主干学科，国家食品药品监督管理局中药新药临床研究组成机构之一。
学科特色：提出肾病多虚、多郁、多瘀的病机学说，提出从肝论治的观点，采用小四五汤为主的中西医结合的二联、三联、四联等多联疗法治疗肾病，取得良效；提出了肾虚证新的诊断与分级分类方案
学科特色：国家中医药管理局重点专病。对常见风湿病如类风湿关节炎、幼年类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、血清阴性脊柱病、硬皮病、皮肌炎/肌炎、成人Still病等具有较成熟的中西医结合诊疗方案，疗效显著。研制有各类风湿病专药“关节灵（金关片）”、“小乌桂冲剂”、“骨灵丸”、“痛风清”、“风湿消肿冲剂”等，“金关片”获国家级二类新药证书。
