南方医院康复理疗科的前身是成立于1992年的第一军医大学南方医院理疗科。科室传承红色基因，坚持高质量发展，现已成为国内具有重要影响力的临床学科。科室为广东省临床重点专科，国家级康复医学住院医师规范化培训基地、中国康复医学会首批重症康复专科培训基地、国家康复医疗器械临床试验基地、国家级间歇导尿培训基地、广东省康复专科护士培训基地、广东省老年专科护士培训基地。是南方医院院级青年文明号单位。
科室专家担任中国康复医学会理事、中华医学会物理医学与康复分会青年委员，中华医学会老年病分会老年康复学组副组长，广东省物理医学与康复学会副主任委员、广东省医师协会康复医师分会副主任委员、广东省康复医学会副会长、广东省康复医学会运动与创伤康复分会会长，广东省康复医学质控中心骨科康复专家组组长、广东省康复医学会护理分会会长等学术职务。担任《中华物理医学与康复杂志》、《中华创伤骨科杂志》等10余家专业杂志的编委。
科室自1996年起承担南方医科大学（原第一军医大学）各年级的《理疗学》课程教学，现改为《康复医学》（必修课），2000年成为硕士授权点，2021年招收博士研究生。已培养毕业研究生20余名，在读研究生10余名。主编出版10余部专著、教材，累计发表百余篇学术论文，其中SCI论文30余篇。科室与国外权威学术机构建立了广泛稳定的学术交流，目前有多项在研的国际合作、国家级和省级课题，每年接受各类进修人员、住院医师、5+3专硕、实习生等近百人，每年举办多场大型学术会议、国家级和省级继续教育学习班多期。
科室运营包括病房和门诊两部分，病区开放病床58张。科室现有康复医师12人，其中高级职称5人。康复护士42人，其中高级职称2人。康复治疗师22人，其中中级职称14人。拥有广东省杰出医学人才1名，羊城好医生2名，广州市科普名师1名，国际造口师1名，粤港澳老年专科护士1名，国家级康复专科护士2名，国家级吞咽专科护士1名，静疗专科护士1名。
科室采用先进的康复评定和治疗手段，能够保证患者在功能上得到最大程度的恢复。科室康复病房不但进行常规药物治疗，而且通过物理治疗、运动治疗、作业治疗、语言治疗、支具矫形、生物反馈治疗、心理治疗、职业训练和中医中药等各种特色康复治疗的综合运用，使类患者最大限度地恢复功能、重新走向社会。尤其是对于特重型脑损伤、长期昏迷（植物状态）的患者有较高的功能恢复水平和促醒率。每年收治重型颅脑损伤患者达100余例，植物人的促醒率达70％左右。以上与该项技术相关的内容曾以专刊的形式在《中国康复医学杂志》发表（2003年第11期）。
科室采用以各种特色手法治疗为主的康复治疗技术，配合浮针、、神经阻滞注射治疗、理疗、运动治疗、牵引治疗、中医中药等的综合运用，能够使该类患者迅速而有效地解除痛苦。
采用BIODEX-2AP等速系统进行肢体运动能力的测试和训练，该技术的参数的可靠性较高，由于运动速度可预先设定，因此等速测试和训练中的结果和参数的可重复性好，是辅助诊断和预后的可靠的客观指标，也是运动功能康复的水平标志。目前广东只有南方医科大学具备该项技术。该技术已成为科室对各种肢体运动障碍患者进行治疗和评估的常规手段，已累计病例数千例以上。
对各种原因所致的肢体肌肉痉挛、面肌痉挛、眼肌痉挛、痉挛性斜颈以及面部除皱，采用特效的药物（BTX-A）注射治疗，并配合功能训练和相应的物理治疗能获得令人惊讶的临床疗效。该项技术是科室在广东开展最早的单位之一，并自2001年以来每年举办继续教育学习班进行推广。每年治疗病例数在200例以上、出版专著1部。
采用先进的光、电、超声、冷、热等物理治疗设备，保证各种内脏和体表的炎症、伤口在最短的时间愈合，最大限度地避免各种并发症的产生。对各种疼痛进行迅速而有效的缓解，促进疾病的恢复。目前科室每日的临床理疗人次均在400人次以上，理疗设备的种类、先进性均居广东省前列。尤其是在医院实施的高难度异体双手再植手术后的理疗和功能训练中发挥了积极的作用。
