南京市儿童医院感染性疾病专科现有医师24名（其中主任医师3名，副主任医师5名），开设传染病门诊、感染性疾病门诊及肠道门诊，病房床位76张。2003年及时发现南京首例SARS患儿，并积极救治，有一人荣获省五一劳动奖章。2008年发现南京首例EV71患儿，实现南京地区零死亡。感染性疾病科为南京市医学重点专科并荣获南京市级“工人先锋号”称号。

本专科主要采用中西医结合诊治小儿手足口病﹑不明原因发热待查﹑败血症、深部真菌和多重耐药菌感染、巨细胞病毒和轮状病毒感染、传染性单核细胞增多症及EB病毒感染等。

感染科为中华医学会儿科学分会医院感染与控制委员单位，有两人分别担任江苏医学会急救及儿科学组委员、南京医学会感染学组委员和急救学组委员，有两人分别担任省、市两级中西医结合儿科专业委员会委员。发表专著三部，近三年发表SCI、中华系列及中文核心论文四十余篇，承担省市级多项临床课题项目。获南京市政府科技进步三等奖一次。