基础外科专业是中国小儿外科创始人、小儿外科唯一的中国工程院院士张金哲教授最先创建和指导发展起来的专业，70年来，临床治疗水平一直处于全国前列，并开创了许多适合中国国情的治疗方法、方式。随小儿基础外科的逐渐发展，派生出小儿外科的其他专业。目前，该院基础外科包括烧伤整形专业、小儿创伤和急症专业、普通外科专业和新生儿外科专业四大分支。
小儿烧伤、整形专业:北京儿童医院烧伤整形专业成立于1960年，是一个医、护、技全面发展的专业，专业人员具有年轻化、高学历的特点。共有医护人员40名，其中正主任医师一名、副主任医师一名、主治医师一名，住院医师数名。参与了国家级多项药品及敷料临床试验研究，成功组织开办国家级继续教育项目学习班。
烧伤整形专业各种检查、治疗、手术设备精良，能够开展各种复杂、疑难儿童烧伤整形疾病的诊治和手术工作。主要开展的治疗项目：儿童各种体表先天畸形，由外伤、感染、肿物引起的缺损的修复，小儿烧烫伤，各种手足畸形(多指、并指、巨指、裂手、多关节屈曲挛缩);各种耳部畸形(如小耳畸形、招风耳、隐耳、菜花耳等);颅缝早闭(Apert综合征、Crouzon综合征);唇腭裂;面横裂;上睑下垂、小眼畸形;体表各种瘢痕扩张器置入治疗，大面积黑痣各种体表肿物的切除修复、会阴部整形等。
经过多年临床实践，烧伤整形专业在救治成批烧烫伤病人、大面积重症烧烫伤病人、电击伤及烧烫伤并发症防治、营养支持等方面经验丰富，形成了一整套适合小儿特点的治疗方法。开通了烧伤病人急诊绿色通道，为重症烧伤病人赢得了宝贵的治疗时间。曾成功救治一例烧伤体表面积75%III°烫伤达50%且合并呼吸道损伤的3岁女童及一例烧伤体表面积50%III°烫伤达45%的8个月男童。烧伤整形专业根据不同伤情采用不同治疗方式修复创面，采用了异种皮、银离子等人工敷料，结合使用生长因子创面换药，完成数百例削痂切痂植皮手术，VSD负压引流手术及腹部皮瓣修复创面手术，减少了创面的感染，缩短了住院时间，尽可能地保留外观及功能。创面愈合后患儿至该科康复门诊进行防治瘢痕、功能锻炼、心理康复等系统化综合治疗。
皮肤创面发生在严重烧伤、创伤、感染、愈合不良的伤口、巨大肿物或黑痣切除后等，治疗困难，严重影响患者的生存质量。该科根据不同患儿制定适宜的个体化方案，应用创面全封闭负压引流、异体、自体皮肤移植、皮瓣移植等手段，效果良好。
儿童期是擦伤、割伤、烫伤、烧伤等意外伤害的高发期，这些伤口愈合后常遗留有皮肤表面瘢痕，且伴随终生，不仅影响美观甚至影响功能。瘢痕的种类分为表浅性瘢痕、萎缩性瘢痕、增生性瘢痕、挛缩性瘢痕、凹陷性瘢痕、瘢痕疙瘩、瘢痕溃疡、瘢痕癌变。该科针对各种外伤和手术瘢痕、血管瘤和痤疮消退后瘢痕形成了集局部外用药物治疗、弹力压迫、局部注射及手术等在内的综合治疗方法，并为患儿制定了安全的诊疗措施及随访流程。皮肤扩张术是在皮肤深面植入扩张器并逐步扩张其表面皮肤面积的一种技术，为近年来新型的手术治疗方法。皮肤扩张后能提供“额外”皮肤，用于修复和替代邻近的瘢痕或其它皮肤缺损及畸形，修复后的皮肤与正常皮肤组织的颜色、质地、感觉及功能完全相同，其治疗效果令病患及家长满意。
血管瘤及血管畸形为婴幼儿常见病，位于面颈部严重影响容貌，位于口咽鼻腔影响呼吸功能，卡梅综合征合并血小板减低，患儿有出血倾向危及生命。该科根据不同年龄、部位、大小对各种类型血管瘤、血管畸形、卡梅综合征采用药物注射治疗、口服普萘洛尔治疗、弹力加压及介入栓塞治疗等综合治疗。其中注射治疗于门诊完成，无需住院，效果显著。介入栓塞治疗为大面积难治性血管瘤患儿带来福音。
小耳畸形为先天性耳廓发育畸形，其形态失常对患儿心理发育极有影响。小耳畸形治疗一般采取3期手术方案，第一期先行皮肤扩张，皮肤扩张至需要量后行第二期手术，自体软骨移植及全耳再造术,第三期可进一步对耳垂、耳腔等进行修正。中国造耳第一人整形外科医院庄洪兴教授为该科长期客座教授。
颅缝早闭又称狭颅征，可导致颅内压升高、发育迟缓、智能低下、精神活动异常、癫痫发作等症。在许多综合征患儿表现出眶距宽、眼压高、面中部凹陷。该科已成功开展Apert综合征及Crouzon综合征的手术治疗，术后患儿面容及颅内容积均得到改善。
烧伤整形专业每年接诊烧伤整形患儿5000人次左右，手术病人1000余例。
烧伤整形专业现在开通了网上专家咨询热线，专家门诊电话预约，手术电话预约。受到国内外患儿家长的一致好评。咨询电话：010-59616452。
小儿外科急症专业:北京儿童医院小儿急症外科专业于1983年率先在国内成立。著名小儿外科专家、工程院院士张金哲教授是小儿急症外科的创立者和首席专家。目前有床位30张，主任医师1人，副主任医师1人，主治医师2人，住院医生多人。每年收治各种外科急症患儿1500人次，年收治各类型创伤危重病儿200人次。年手术1500余人次，年危重病儿抢救350人次。
小儿外科急症专业是国内首创的综合治疗小儿各种外科急症的专业，该专业已具备专业医护人员、专业病房、抢救室、监护室、急症抢救设备、急诊室和复诊随诊门诊。擅长诊断与治疗小儿急腹症、创伤，感染等急性外科疑难重症。
小儿急症专业在诊断和治疗阑尾炎、肠套叠、各种肠梗阻、美克尔憩室、消化道重复畸形、嵌顿性腹股沟斜疝、胰腺炎、消化道出血、消化道穿孔、软组织感染、急慢性腹痛、阴囊急症等疾病具有丰富的经验。诊断和治疗急腹症的综合水平居国内领先地位。目前开展了各类微创手术，如腹腔镜小儿阑尾切除术、腹腔镜美克尔憩室切除术、腹腔镜慢性腹痛的探查、腹腔镜肠系膜淋巴结活检术等，达到了疤痕小、美观、住院时间短、恢复快的良好效果。
小儿急症专业在综合性诊断与治疗小儿复合性创伤、危重性创伤、难治性创伤方面经验丰富，拥有专职治疗颅脑外伤、胸部外伤、腹部外伤、泌尿系外伤的多位专家。已具备规范化诊断、治疗小儿创伤的医疗体系。
小儿急症专业在我国最早开展了小儿临床营养的研究，应用肠内营养、肠外营养治疗各种小儿营养不良者、肠造瘘病人、长期禁食病人、肿瘤化疗病人、消化道功能障碍病人、危重病人取得了良好的疗效。已形成了完善的、统一的、规范的临床营养体系。
小儿急症专业是小儿外科医师、护士培训基地。是培养小儿急症专业医师的摇篮，与国内外有广泛的交流。已发表论文、论著数十篇，曾获北京市和北京卫生局科技进步奖，，参与编著了《小儿急腹症学》、《小儿创伤学》、《临床肠内和肠外营养》、《肠内营养》、《儿科新进展》等书籍。急症专业专家现担任中国临床营养杂志编委，北京市肠内肠外营养学组委员。已派遣数位医师赴国外、港澳地区学习交流。
小儿普通外科专业:小儿普通外科专业是张金哲院士创建小儿外科时最基本的组成部分，历史悠久，拥有许多适合中国国情的小儿外科开创性的治疗方法和治疗技术。经过小儿外科70年的发展和派生细分，目前普外专业主要治疗儿童颈部、腹部的先天性疾病及发育畸形、异常，主要研究方向包括儿童肝胆和肛肠等方面。
本专业拥有主任医师4名，主治医师3名，住院医师2名;博士生导师2名，硕士生导师1名;博士3名，硕士4名，在读硕士2名。在只拥有28张病床情况下，年完成复杂手术1200余例，多数为全国各地的疑难杂症和再手术病例。目前95岁高龄的张金哲院士仍然每周定时出门诊、查房，指导着普外科各级医师的临床治疗。
先天性巨结肠根治术(环钳法)是普外科开创性手术之一，从张金哲院士等发明改进“张氏环钳”，到使用胃肠吻合器，再到腹腔镜辅助完成根治术及经肛门改良Soave术式，先天性巨结肠治疗取得了一系列成绩，近期已完成手术1000余例，在国内、外享有较好的声誉和影响。近年来每年完成来自全国各地的先天性巨结肠术后严重并发症需要再次手术的病例20余例，为患儿解除了巨大痛苦和烦恼。
经过实验研究，设计应用肝肠R-Y吻合加矩形瓣成型术是另一开创性手术。本术式有效地防止术后返流，引起国内、国际上的兴趣和认可。该术式应用于先天性胆总管扩张症已1000余例，近期、远期效果满意，应用于胆道闭锁已200余例，胆管炎发病率较国内外大宗病例减少。
普外专业在诊断、治疗大量患儿及疑难病症的病例中，积累了丰富的临床经验，通过医疗及科研，一些疾病如先天性肛门直肠畸形、先天性肝胆脾胰疾病等的术前诊断和术后处理进行不断完善，对手术技术不断的进行改进创新。近年来，肛肠和肝胆疾病成为主要研究方向。对于先天性和后天性的肛门直肠疾病特别是在复杂肛门直肠畸形和一穴肛的功能性修复水平不断提高，术后排便控制效果满意;综合治疗胆道闭锁有重大发展，术前诊断、术后效果判断等水平提高，患儿术后胆汁引流率100%，良好率近60%，总体疗效令人鼓舞。随小儿腹腔镜技术的发展，普外专业将腹腔镜技术合理的应用于适应病例中，增加了手术的美观。
普外专业是国内最早的博士学位授予单位和博士后流动站之一，已培养博士研究生及硕士研究生50多人。在核心期刊及SCI上发表论文200余篇，获国家科技部攻关课题、北京市自然科学基金、北京市优秀人才基金、北京市教委科研基金等多项基金支持，获得北京市科技进步奖、国家卫生部及北京市卫生局等奖项，并参与《实用小儿外科学》、《小儿门诊外科学》、《实用小儿新型手术图解》、《张金哲小儿外科学》等多部专著出版。
普外诊治的主要病种包括:1、颈部畸形：如先天性鳃裂瘘及囊肿、甲状舌管瘘及囊肿、先天性梨状窝瘘等
2、肝胆系统疾病：如先天性胆管扩张症(胆总管囊肿)、胆道闭锁、门脉高压症伴上消化道出血，门静脉畸形及消化道血管畸形伴便血等
3、消化道畸形：如肠重复畸形、梅克尔憩室、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形(无肛前庭瘘、会阴瘘、尿道瘘、肛门闭锁)
4、后天性肛门直肠疾患：如女婴感染性直肠前庭瘘、结肠息肉等
5、脾脏、胰腺疾病：如球形红细胞增多症等脾脏切除、胰腺囊肿、胰胆合流异常等
8、儿童腹腔镜手术：如腹腔镜脾脏切除术、腹腔镜胆总管囊肿切除术、腹腔镜巨结肠根治术等。
新生儿外科专业：目前国际上新生儿外科已成为评价小儿外科水平的一个重要标志。该院外科新生儿专业创建于1972年，专业发展至今已有近40年。成功救治了大批新生儿外科疾病患儿，在国内成功的进行了首例联体儿分离术，率先开展了新生儿期巨结肠根治术、新生儿期中位无肛骶会阴肛门成形术、新生儿期腹腔镜手术如巨结肠根治术、幽门环肌切开术等，目前本专业在国内处领先水平。
本专业拥有主任医师3人，副主任医师1人，主治医师1人，住院医师1人。硕士生导师1人，博士2人、硕士2人。临床和科研技术力量雄厚。近5年来，申请并获得北京市自然基金项目1项，首都临床特色应用研究1项。培养新生儿外科专业研究生8名，大量的进修医生都成为当地医疗技术骨干和学术带头人。
在诊断和治疗新生儿外科疾病方面具有丰富的临床经验及良好的治疗效果，诊治患儿数量国内居首，抢救了无数危重的新生儿患者并获得良好的生活质量。先天性食管闭锁并气管食管瘘的治疗代表新生儿外科的技术水平，目前对于本病的抢救及治疗成功率很高;每年收治新生儿巨结肠近百例，近10余年来广泛应用腹腔镜及经肛门路径治疗新生儿期巨结肠，手术打击明显减小，术后恢复很快，切口疤痕微小，随访效果良好，深受患儿家长欢迎;对腹壁裂、脐膨出的治疗效果处国内领先水平;对于各种消化道先天性畸形的治疗及产前咨询有着大量的经验;先天性膈疝的治疗有着很高的治愈率;对各种中高位直肠肛门畸形的治疗采用了Peňa手术，效果有了很大提高;应用腹腔镜幽门肌切开术治疗先天性肥厚性幽门狭窄13年，治愈千余例患儿。本专业还开展小儿胃肠功能监测检查，如胃食管反流等疾病的24小时食管pH监测，小儿便秘的肛门直肠测压检查，为一些疾病的临床诊断提供了有效的帮助，今年来，针对早产极低体重重症患儿的外科治疗也获得了重大进展，围手术期的外科治疗取得了长足的进步。
新生儿期疾病发病紧急，患儿体质弱小，为方便患儿就诊，该专业保证每日均有专业人员门诊出诊，并与院内相关科室之间有着良好的协作关系，可以确保危重患儿及时得到救治，对于产前发现的先天性畸形可以提供咨询和指导，并开通产后治疗的绿色通道，使患儿出生后能够及时获得有效的诊治。
诊治的病种：1.各种新生儿的先天性畸形：如食管闭锁和气管食管瘘、先天性膈疝、先天性肥厚性幽门狭窄、肠闭锁和狭窄、肠旋转不良、环状胰腺、胎粪性肠梗阻、脐膨出、腹壁裂、脐肠瘘、脐尿管瘘、胆总管囊肿、先天性巨结肠、先天性直肠肛门畸形(高、中、低位无肛及各种瘘)、胆道闭锁等。
2.肿瘤：新生儿的各种肿瘤(畸胎瘤、血管及淋巴管瘤、新生儿腹腔及腹膜后肿瘤、卵巢囊肿等)。
3.感染：新生儿皮下坏疽、软组织感染、消化道穿孔腹膜炎，化脓性骨髓炎及关节炎等。
4.各种早产极低体重的重症外科疾患：如坏死性小肠结肠炎、胃穿孔、食道闭锁、膈疝等。
