男性学作为一门新兴独立学科在70年代脱颖而出，80年代末，国内各大医院纷纷建立自己的男性病科及相关实验室。北京中医医院立足于中医上的优势，为适合广大患者的需求，建立了中医男科。

北京中医医院男科遵循燕京御医学派之后、著名中医男病科专家吉良晨教授创立的学术思想体系，突出传统中医药治疗特色，拥有一批疗效显著、安全可靠的中药院内制剂，可提供前列腺疾病、性功能障碍、男性不育等疾病的专病、专家、专台、专药、专项健康教育的系列化服务。

北京中医医院男科配备有各型仪器用于男科疾病的诊断。运用Qh-CASA-Ⅱ系统对精子特性系统分析，在北京地区率先建立育龄男子精子分析正常组值，为男性不育症、少、弱精子症的临床、科研奠定了基础。承担国家中医药管理局95攻关课题、北京市中医管理局课题多项，其中“兴阳丸治疗阳痿的临床研究”获得北京市中医管理局科技进步二等奖。此外，还研制了治疗老年性功能减退的“固元丹”，治疗慢性前列腺炎的“前浊消胶囊”，治疗男性不育症的“育嗣丸”等纯中药制剂。

北京中医医院男科是北京中医医院特色科室之一，近年来在运用传统中医理论辨证施治男病科常见病基础上，更注重中医养生学，特别是中国房室养生学在中老年男性保健、防病抗衰方面的应用，为男性学发展壮大不断进取。