上海第二医科大学附属瑞金医院外科是上海市重点学科、“九.五”和“十.五”期间“211工程”重点学科、上海市教委第二期重点建设学科、第一、二周期上海市医学领先专业重点学科、上海市医学重点学科，是外科硕士、博士培养点和博士后流动站。学科组成包括外科门诊、外科急诊、外科病房（10个病区，近400张病床）、上海市微创外科临床医学中心、瑞金医院器官移植中心、上海消化外科研究所、外科教研室、外科监护室、《外科理论与实践》杂志编辑部。设有胃肠道癌肿、胆胰疾病、肝门脉疾病、器官移植、微创外科、血管外科、外科重症监护、乳腺和内分泌外科等专业课题组。现拥有一批国内外著名的外科学专家教授。有十余人先后担任全国胃癌、结直肠癌、腹腔镜、胆道或胰腺外科学会（或学组）的正副主任委员或委员、中华外科或上海市外科学会委员、上海市普外科学会主任委员、委员等职，其中有博士研究生导师8名、硕士研究生导师10名；培养硕士研究生106名，博士研究生29名，先后承担多项国家以及市、部级重大、重点攻关项目，解决一个又一个医学难题；并获得多项国家级和市、部级科技奖励；形成了以胃肠道癌肿、重症胰腺炎、器官移植、微创外科为特色的，在各个方面具有综合优势的重点学科。

　　重症胰腺炎
　　重点研究急性坏死性胰腺炎的发病机制及如何进一步提高外科综合治疗疗效。从1985年首先提出早期外科手术的观点至90年代中期开展短时血滤治疗急性重症胰腺炎，瑞金医院外科急性坏死性胰腺炎的总体疗效达到国内领先水平。在国内首先创用CT图像进行ANP严重度分级，首先提出ANP"个体化治疗方案"，并在国内进行推广；在国内首先开展短时血滤治疗ANP，从而使急性重症胰腺炎治愈率达80%，居国内领先水平。


　　器官移植
　　学科是国内最早成功开展临床肝移植的单位，早在78年就完成了首例国内肝移植及首例心脏移植，2002年成立了器官移植中心，已形成一套完整的肝移植手术操作常规，至今共施行肝移植120余例，其中劈离式肝移植4例，背驮式肝移植70例，原位辅助肝移植2例，肝肾联合移植4例，再次肝移植6例，另外还成功地施行了肝肠联合移植以及亚洲首例腹腔7脏器联合移植并开展了多项肝移植相关临床与临床基础研究。国内首例劈离式肝移植和亚洲首例腹腔7脏器联合移植分别评为中国医学论坛报2002及2004年度国内十大新闻。移植中心开展的多个项目均居国内领先水平。