病理科由黄景行教授创立于20世纪50年代，是国内最早，上海首家单独建立的小儿病理科。在历代科主任的努力下、学科负责人奚政君的领导下，小儿病理诊断覆盖所有的病理亚专业。拥有细胞病理，组织活检病理，尸体解剖，术中冰冻，免疫病理，分子病理等。以先天性巨结肠，先天性畸形，血液肿瘤等疑难及少见病诊断为特色的多个亚专业，成为具备国内领先水平的小儿病理诊断科室。
临床病理诊断是应用多种学科和知识和方法，独立进行疾病诊断的学科。它研究和阐明了疾病的病因、发病机理、发展和结局，为临床提供可靠的防治疾病的依据和推测疾病的预后。医院病理科主要从事临床病理学诊断（诊断病理学）以及与临床病理相关的研究。
该科目前外聘专家1人，在编职工5人，其中医师3人，技术员3人，包括主任医师1名、副主任医师1名及主治医师1名，技师3名。常规开展组织病理（包括骨髓活检肾穿刺活检等）术中冷冻、细胞病理、尸体解剖、免疫组化、fish，同时接受院外会诊。
业务特色：活体组织检查：所有手术标本，包括身体各部位的穿刺组织标本、脏器标本，骨骼标本以及纤维胃镜、肠镜、支气管镜、喉镜的活体标本，均可进行活体组织检查。现在该科每天做病理检查，每周一至五均发病理报告，常规病检时间由原来的3-5天缩短为2天。全部病理资料采用计算机病理图文管理系统管理并打印病理报告，其中有近1/2的报告为图文病理报告
细胞学检查：包括痰涂片、胸腹水及尿液涂片、各种组织穿刺涂片等。可以协助大规模肿瘤的普查，
术中冰冻切片检查：通过使用冰冻切片的方法，可在30～40分钟内发出初步病理报告。主要用于手术进行过程中的快速诊断参考，为临床手术治疗提供及时可靠的依据。另外，检测某些需保持其生物活性的抗原物质和抗体，也须采用冰冻切片。
免疫组织化学检查：有50余种免疫组化检查项目，包括各种上皮性标记物、间叶性标记物、细胞增殖性标记物、癌基因蛋白等。用于疾病的诊断和鉴别诊断，以及判断某些恶性肿瘤的转归和预后。
特殊染色检查：有10余种特染检查，如网状纤维染色、Masson染色、PAS、AB及抗酸染色等，用于的疾病的诊断和鉴别诊断.
免疫荧光检查：用于肾穿刺活检和某些皮肤病的诊断。此项检查运用了冰冻切片和免疫荧光抗体染色。经肾穿活检及免疫荧光检查，可以明确肾病的诊断，对各种原发、继发及遗传性肾实质疾病（尤其弥漫性肾病变）是较好的诊断方法。能提供对各种类型肾病的研究，对肾病治疗及预后判断也极有意义。
荧光原位免疫杂交（FISH),可作为恶性肿瘤的诊断和预后的判定依据。
仪器设备：全自动脱水机、全自动HE染色机、自动封片机、全自动细胞检测制备仪
冰冻切片机、全自动免疫组化机、荧光显微镜、显微镜图象分析系统等
