深圳市儿童医院心血管科是医院的重点科室，拥有一批具有丰富临床经验的主任医师、副主任医师及主治医师，在儿童先天性心脏病的诊断和治疗方面有较深的造诣。该科室抢救和治疗了大批的危重、疑难患儿。

心血管科设有心胸外科和心内科两个专业，在华南地区较早开展了心脏手术和心脏介入治疗，心脏外科主要开展体外循环下各种先心病及心瓣膜病的手术治疗，如房缺、室缺、心脏瓣膜置换等复杂手术。普胸外科主要开展漏斗胸、膈疝等手术的治疗。开展胸腔镜肺大泡切除、肺叶切除等微创手术，在区域内处于领先水平。

心血管科现有床位91张、其中内科56张、外科25张，监护室10张。有心脏缺陷的患儿需要做介入的患儿收治至内科，需要开胸治疗的收治至外科，手术后一半先回到监护室进行护理，等病情平稳后返回普通病房进一步治疗。

该科室现有医护人员55人。包括主任医师4名、副主任医师3名、住院医师12名、副主任护师1人，主管护师3名、护师10名、护士22名、硕士以上学位的13人。