深圳市儿童医院呼吸内科是医院的重点科室，拥有一批具有丰富临床经验的主任医师、副主任医师及主治医师，在儿科呼吸道疾病的诊断和治疗方面有较深的造诣。该科抢救和治疗了大批的危重、疑难患儿，在华南地区有较大的影响力。

呼吸内科病房共有70张病床，主要收治病种：小儿气管炎、各种肺炎、肺不张、支气管哮喘、先天性肺畸形，胸腔疾病、间质性肺疾病、肺部疑难杂症等。专业辅助功能科室有肺功能室、支气管镜室、呼吸道病原及过敏原实验室、脱敏治疗室。

呼吸内科在华南地区较早开展了支气管镜检查，由训练有素的专业医护人员对患儿进行规范的术前准备、术后护理及医疗指导。现拥有三条不同型号电子支气管镜，采用局麻或全麻的方法，实现了对相关疾病的快速诊断和及时治疗。