感染科主要由感染病房、发热门诊、肠道门诊组成，感染病房现位于深圳市儿童医院A楼7楼，床位数54张。感染科目前拥有主任医师1名，副主任医生1名、主治医生2名、住院医生7名和主管护师、护师16名。
感染科自成立以来，积极参与全国、全市的感染性疾病监测及诊治，目前为流感病毒监测哨点医院、中华医学会儿科分会感染学组委员单位,对各种儿童常见传染感染性疾病的诊治均具有规范的诊疗常规，并与院感科、微生物室、分子诊断、药剂科、预防保健科联动，就儿童感染性疾病的快速诊断方法、合理使用抗生素、感染性疾病预防进行多学科合作研究，为儿童感染性疾病的早期诊断、合理治疗一直努力。
感染科收治病种：各种病原体感染引起的肺炎、传染性单核细胞增多症、手足口病、轮状病毒肠炎、病毒性肝炎、婴儿肝病综合征、麻疹、水痘、流行性腮腺炎、流行性感冒、伤寒、猩红热、细菌性痢疾、其他各种微生物所致的疾病。
