深圳市儿童医院眼科成立于1997年11月，经过十余年的努力，现已发展成为技术力量雄厚、患者信任度高的团结协作团体。现有医护人员19名：主任医师3名，副主任医师5名，主治医生3名，眼科专业护士8名，技师1名，其中博士3名，硕士6名。
自建科以来，眼科接诊人数逐年增多，近两年每年接诊各种眼病患儿超6万人次，今年预计可达7万人次，除深圳地区外，其范围辐射至周边地区如东莞、惠州、中山、佛山、江门等，并且还有外省患者前来就诊。工作量在全国儿童医院名列前10名以内。通过多年的儿童眼病治疗，医院眼科医生在治疗儿童眼病方面积累了丰富的临床经验，门诊及病房可开展各种儿童眼病手术。尤其在小儿屈光不正、斜视、弱视及小儿泪道疾病、儿童白内障、儿童眼外伤、早产儿视网膜病变筛查等方面有独特之处，其中儿童泪道病及斜弱视专科在深圳及周边地区处于领先地位。早产儿视网膜病变筛查也是目前深圳地区开展此项目的两家医院之一。每个医师都有1-2个亚专业重点专攻，每年进修1-2人次，做到重点培养，整体提高。每个月科内组织业务学习，营造浓郁的学习氛围，近几年科室成员注重临床和科研结合，申请并获批市级课题6项，其中4项已结题。发表省级以上论文20-30篇,获国家实用新型专利5项。
科室备有进口手术显微镜、白内障超声乳化仪、裂隙灯显微镜、电脑验光仪、婴幼儿视力筛查仪、同视机、双目间接眼底镜、视觉电生理设备、眼前段照相裂隙灯、多功能氦、氖激光治疗机、视动性眼震仪、手持裂隙灯以及各种弱视治疗仪和完整的检影验光设备。
科室备有进口手术显微镜、白内障超声乳化仪、裂隙灯显微镜、电脑验光仪、婴幼儿视力筛查仪、同视机、双目间接眼底镜、视觉电生理设备、眼前段照相裂隙灯、多功能氦、氖激光治疗机、视动性眼震仪、手持裂隙灯以及各种弱视治疗仪和完整的检影验光设备。
科室还开设了网上咨询专栏，眼科医生即时在网上和患者家长交流，回答家长在网上提出的各种有关儿童眼病的问题，极大地方便了眼病患者及家长。
