深圳市中医院儿科于1979年创立，经过几十年建设和不断发展，目前是广东省“十三五”中医药重点专科、深圳市中医特色专科、深圳市中医药学会儿科分会主任委员单位、岭南中医儿科医疗联盟成员单位；是广州中医药大学中医儿科学硕士点，承担着临床、教学、科研等多方面的工作。现设有普通儿科门诊、特需儿科门诊、儿科急诊、儿科病区、新生儿科病区；还设有儿童哮喘、儿童消化、紫癜病、多发性抽动症、多动症、儿童生长发育以及儿童治未病等亚专科；开放病床22张。主要开展以突出中医药特色为主，中西医结合治疗多种儿童疾病。专科的优势病种有肺系疾病（肺炎、哮喘、急性化脓性扁桃体炎）、心肝系疾病（多发性抽动症）、肾系疾病（紫癜）。拥有国家级专利的特色制剂小儿疏风止咳颗粒、小儿安神补脑颗粒等；研制出多种外用中药制剂小儿疏风散、紫草膏、系列儿童香囊等；应用多种中医适宜技术开展治疗，如：小儿推拿、针灸、中药穴位贴敷、耳穴贴敷等。专科人才济济，梯队合理，实力强大，现有省级名中医1名、深圳市名中医3名；硕士生导师3名；主任医师7名，副主任医师4名；医学博士4名，硕士13名。先后主持完成国家自然科学基金项目1项、厅局级、市级科研课题10余项；在专业学术期刊上发表论文50余篇。

专科对儿童抽动症、儿童多动症、儿童癫痫、儿童哮喘、儿童紫癜病方面均有较深入的研究，取得了良好的临床疗效。

在2018年获得“2018年度深圳市卫生健康科教工作先进集体”

2018年成为深圳市政府第四批“三名工程”引进团队的依托科室，引进“南京中医药大学汪受传教授中医儿科学团队”，进一步提高了专科的人才培养、科研能力、临床治疗的水平，学科建设不断进步。