神经外科是一个以治疗各种颅内肿瘤、颅底肿瘤、椎管内肿瘤和脑动脉瘤为特色的科室;拥有全进口手术显微镜、高速气动磨钻、神经内镜、术中神经电生理监测仪、超声刀以及国内首台术中电子束放疗仪等现代化医疗设备。目前共有正式医护人员26名，其中医生均具有博士学位。

和综合性医院神经外科相比，我院神经外科更加注重神经系统肿瘤的个体化手术治疗和多学科综合治疗。其特色有：⑴擅长垂体瘤、颅咽管瘤、听神经瘤、胆脂瘤、脑膜瘤及动脉瘤的个体化微创手术治疗，擅长脊髓髓内肿瘤的显微手术治疗和椎管重建;⑵与头颈外科合作开展颅底内外沟通肿瘤、颈椎管内外沟通肿瘤的手术治疗;⑶积极开展神经系统恶性肿瘤如神经胶质瘤、脑转移瘤的手术切除、脑间质内放疗、局部化疗等综合性治疗。

医院神经外科结合国际先进理念，积极开展临床科研工作，近5年承担各类科研课题6项。主编和参加编写专著12部。该科是中国协和医科大学博士研究生学位授权点。