南京治疗灰指甲比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院等。其中，江苏省人民医院皮肤科在真菌感染诊疗方面经验丰富，设备；南京鼓楼医院皮肤科设有专门的甲病门诊，对灰指甲的诊治具有特色；东部战区总医院皮肤科在顽固性甲真菌病治疗上采用综合，临床效果显著。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院皮肤科是江苏省临床重点专科，在灰指甲诊疗领域具有性。科室配备真菌培养室和分子检测设备，可鉴定致病菌种。采用口服抗真菌药物联合激光治疗的模式，对顽固性灰指甲率达85%以上。医院引进的半导体激光治疗仪能有效穿透甲板杀灭真菌，同时开展甲板病损清除术等特色治疗。每年接诊灰指甲患者超过3000例，建立了完整的随访管理体系。
2.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院皮肤科开设甲病专病门诊，拥有全套甲病诊疗设备。采用KOH镜检结合真菌培养的双重检测方法，诊断准确率高。治疗上形成药物浸泡、封包治疗与308nm准分子激光相结合的特色方案，针对不同严重程度患者制定个性化疗程。医院自主研发的中药浸泡剂对轻型灰指甲效果显著，近年引进的甲板光动力治疗系统为难治性病例提供新选择。
3.东部战区总医院
东部战区总医院皮肤科在军队系统内率先开展灰指甲综合治疗中心，拥有二氧化碳激光和铒激光两套治疗系统。采用国际标准的甲标本采集流程，结合基因检测技术提高诊断精度。独创的"清甲-用药-光疗"阶梯，对厚甲型灰指甲有独特优势。医院参与制定《中国甲真菌病诊疗指南》，其研发的甲板通透技术获得军队医疗成果奖。
4.南京市第一医院
南京市第一医院皮肤科年接诊灰指甲患者2000余例，配备全套甲病显微诊断设备。开展甲板病理检查、真菌药敏试验等特色项目，为用药提供依据。治疗采用口服特比萘芬冲击联合局部尿素软膏封包，对肝功能异常患者有成熟的用药方案。医院引进的以色列飞顿激光治疗仪，可实现无痛化甲板处理。
5.南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院皮肤科设有真菌实验室，开展灰指甲的分子生物学检测。临床采用国际通用的甲病严重程度评分系统，制定阶梯治疗方案。特色技术包括甲板微波消融术和靶向药物导入治疗，对合并糖尿病等基础疾病的患者有专门诊疗流程。医院参与多项抗真菌药物临床试验，在耐药菌株治疗方面积累丰富经验。
