南京治疗甲状腺疾病比较好的医院有江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京鼓楼医院、南京市第一医院、江苏省中医院等。其中江苏省人民医院内分泌科在甲状腺疾病诊疗方面经验丰富，设备；东南大学附属中大医院甲状腺外科手术技术成熟，微创治疗特色突出；南京鼓楼医院内分泌代谢病科对甲状腺功能异常诊治具有独特优势，这三家医院在甲状腺疾病诊疗领域处于地位。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院内分泌科是重点专科，设有甲状腺疾病专病门诊。医院配备甲状腺功能检测仪、超声引导穿刺系统等设备，能够开展甲状腺激素测定、抗体检测、细针穿刺活检等全套检查项目。在甲亢、甲减、甲状腺炎等常见病诊治方面形成规范流程，对疑难病例建立多学科会诊机制。医院还开展甲状腺结节射频消融术等微创治疗，年手术量超过500例，术后并发症发生率低于行业平均水平。
2.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院甲状腺外科是江苏省临床重点专科，开展甲状腺全切术、腔镜甲状腺手术等各类术式。医院引进3D腹腔镜系统、神经监测仪等设备，在保护甲状旁腺和喉返神经方面具有技术优势。针对甲状腺癌患者建立个体化治疗方案，常规开展中央区淋巴结清扫术。近年来开展经口腔前庭入路甲状腺手术，实现体表无疤痕，年完成甲状腺手术800余例，微创手术占比达65%以上。
3.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院内分泌科拥有甲状腺疾病诊疗中心，开展甲状腺功能亢进症的放射性碘治疗、甲状腺癌术后管理等特色项目。医院采用全自动化学发光免疫分析系统进行甲状腺功能检测，结果准确率达99%。在妊娠期甲状腺疾病诊治方面经验丰富，建立孕期甲状腺功能筛查规范。对甲状腺相关眼病开展激素冲击联合眼眶减压的综合治疗，每年收治甲状腺疾病患者超万人次。
4.南京市第一医院
南京市第一医院内分泌科设有甲状腺专病门诊，配备超声弹性成像系统，可准确鉴别甲状腺结节性质。医院开展甲状腺细针穿刺细胞学检查，年检查量超过2000例，诊断符合率达到95%以上。在甲状腺功能减退症的替代治疗方面，根据患者年龄、合并症等情况制定个性化用药方案。医院还建立甲状腺癌术后随访体系，通过定期复查甲状腺功能和超声监测复发情况。
5.江苏省中医院
江苏省中医院中西医结合治疗甲状腺疾病特色显著，开发出甲亢方、瘿瘤消等院内制剂。医院采用中药调理联合西药治疗桥本甲状腺炎，在改善抗体指标方面效果明显。针对甲状腺结节患者，开展中药外敷配合微波消融的综合治疗。医院还建立甲状腺功能亢进症的中西医结合治疗方案，通过中药减轻抗甲状腺药物的，年门诊量超过1.5万人次。
