南京治疗甲状腺疾病效果好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、东南大学附属中大医院等。其中，江苏省人民医院作为全省综合实力强的三甲医院，其内分泌科在甲状腺疾病诊疗方面经验丰富，配备的检查设备和规范化的治疗方案。南京鼓楼医院内分泌科在甲状腺结节、甲亢等疾病的微创治疗领域具有特色优势。东部战区总医院凭借军区医院的资源优势，在甲状腺肿瘤的综合治疗上积累了较多成功案例。
江苏省人民医院内分泌科是重点学科，年接诊甲状腺疾病患者超万人次。医院拥有全套甲状腺功能检测系统，可开展甲状腺细针穿刺、放射性碘治疗等特色项目。针对复杂病例采用多学科会诊模式，尤其在甲状腺癌术后管理方面形成规范化流程。近年来引进甲状腺微波消融技术，缩短了良性结节患者的康复周期。
南京鼓楼医院内分泌代谢病医学中心设有独立的甲状腺专科门诊，配备三维超声引导系统提高穿刺准确性。医院在Graves病个体化治疗方面具有优势，建立从药物调控到同位素治疗的全流程管理体系。特别在甲状腺眼病的综合干预上，联合眼科开展眶减压手术，年完成甲状腺相关手术量居全市前列。
东部战区总医院普外科甲状腺治疗组开展腔镜甲状腺手术十余年，微创手术占比达65%以上。医院拥有术中神经监测系统，有效降低声带损伤风险。对于晚期甲状腺癌患者，可实施颈部淋巴结清扫联合靶向治疗。其特色在于将军事医学研究成果应用于临床，在辐射相关甲状腺疾病的诊治方面具有独特经验。
南京市第一医院内分泌科开设甲状腺疾病专病门诊，引进弹性超声技术提升结节良恶性鉴别能力。医院建立甲状腺功能异常孕产妇诊疗绿色通道，制定差异化的妊娠期用药方案。近年来开展甲状腺激素抵抗综合征的基因检测项目，为疑难病例提准诊断依据。
东南大学附属中大医院采用超声造影技术辅助判断甲状腺结节血供情况，提高微小癌检出率。医院开展甲状腺激素替代治疗的药物基因组学检测，减少用药调整周期。其核医学科配备双探头SPECT，在甲亢同位素治疗剂量计算方面形成标准化操作流程。
这些医院均设有甲状腺疾病专科或专病门诊，患者可根据具体病情选择相应医疗机构。建议初诊患者优先考虑三甲医院的内分泌科进行系统评估，需要手术治疗的可转诊至普外科或头颈外科。就诊前可通过医院官网查询专病门诊时间，部分医院提供多学科联合诊疗服务。
