北京肛肠科排名前五的医院是：中日友好医院、北京市肛肠医院、中国医学科学院肿瘤医院、中国中医科学院西苑医院、解放军总政治部机关医院。
第一名：中日友好医院
中日友好医院(简称“中日医院”)是国家卫生健康委员会直属大型综合性三级甲等医院,于1984年10月23日开院。时任中共中央总书记胡耀邦同志、时任全国政协主席邓颖超同志分别题写院名。中日医院现编制床位1610张(含北区、西区),集医疗、教学、科研和预防保健等功能为一体,并承担中央保健医疗任务、国家紧急医学救援任务,附设中日友好临床医学研究所,同时是国家呼吸医学中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家远程医疗管理与培训中心、国家远程医疗与互联网医学中心、国家基层远程医疗发展指导中心、卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心。
第二名：北京市肛肠医院
北京市肛肠医院（北京市二龙路医院）是全国最大的以诊治各种复杂、疑难和重症肛肠疾病为特色的三级甲等中西医结合医院。医院创立于1937年，总建筑面积4.2万平方米，开放床位400张，开设18个临床科室，14个医技科室，年门诊量70万，手术量13000余例次。21种拥有自主知识产权特色品牌自制剂临床应用50余年，服务患者近千万人次。
医院1981年迁址西城区下岗胡同。2005年内设德胜社区卫生服务中心。2012年迁至西城区德外大街16号。同年注册5A级民非组织北京市肛肠疾病研究院，经北京市药监局GMP认证特色制剂生产研发中心。2014年评为三级甲等中西医结合医院。2015年组建跨域专科医联体和紧密型医联体。2019年获批药物临床实验机构（GCP）认证。2020年获批医保互联网诊疗资质。
第三名：中国医学科学院肿瘤医院
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是国家癌症中心依托单位，是国家肿瘤临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究中心所在地，集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。
第四名：中国中医科学院西苑医院
西苑医院位于北京市海淀区三山五园腹地，比邻颐和园、圆明园而建，与北京大学、中央党校相距咫尺。全院职工1555人，正高级职称150人，副高级职称186人。拥有中国科学院院士1名、中国工程院院士1名，国医大师1名，全国名中医1名，首都国医名师13名，中国中医科学院研究员16人。“新世纪百千万人才工程”人选5人，其中国家“万人计划”百千万工程领军人才1名，国家万人计划科技创新领军人才1名。享受国家特殊津贴专家41人，突出贡献中青年专家5人，全国优秀中医临床人才17人。
第五名：解放军总政治部机关医院
中国人民解放军总政治部机关门诊部是一所集医疗科研教学于一体的三级甲等医院，创建于1960年，隶属解放军军事医学科学院。我院现有医疗用房10万余平方米，北京总政治部机关医院好吗？中国人民解放军总政治部医院创建于1950年12月。座落于北京市东城区安德里北街21号，占地1万平方米。
