肾结石体外碎石一般不会萎缩，但如果患者出现了肾结石合并有感染、梗阻、肾积水等，肾结石体外碎石后，可能会出现炎症、感染、梗阻、肾积水等，造成肾脏萎缩。
1、炎症：肾结石体外碎石后，患者可能会出现感染，此时肾脏可能会出现炎症，炎症细胞及炎性分泌物会聚集于肾小管，可能会造成肾小管堵塞、狭窄，影响肾脏的滤过功能，从而造成肾脏萎缩;
2、感染：肾结石可能会合并有尿路感染，此时由于细菌及毒素的侵入，肾小球的滤过屏障被破坏，可能会导致肾小球硬化，造成肾脏萎缩;
3、梗阻：如果肾结石在肾内的位置不佳，出现了梗阻，体外碎石后，不能将结石打碎，结石可能会在输尿管内梗阻，造成肾脏萎缩;
4、肾积水：肾结石体外碎石后，如果碎石并没有完全排出，可能会造成肾积水，肾积水长时间未得到改善，会导致肾脏组织逐渐萎缩、坏死，造成肾脏萎缩。
如果患者出现肾结石，建议及时就诊，完善相关检查，如血常规、尿常规、超声检查、造影检查等，明确肾结石的大小、位置，判断肾结石是否造成积水，如果肾结石造成了积水，建议患者及时进行治疗，如经皮肾镜碎石术、经输尿管镜碎石术等。
