南京治疗肝癌比较好的医院有江苏省人民医院、东部战区总医院、南京鼓楼医院、江苏省肿瘤医院、南京市第二医院等医疗机构。其中江苏省人民医院肝胆中心作为国家临床重点专科，在肝癌综合治疗领域具有显著优势；东部战区总医院肿瘤科依托全军肿瘤中心的科研实力，建立了肝癌诊疗体系；南京鼓楼医院肿瘤科配备国际放疗设备，在肝癌放射治疗方面形成特色。
江苏省人民医院
江苏省人民医院肝胆中心是国家重点临床专科建设单位，设有独立的肝癌多学科联合诊疗（MDT）中心。该院拥有达芬奇手术机器人系统、三维适形调强放疗设备，常规开展肝癌性切除术、肝移植术及微波消融等微创治疗。在肝癌转化治疗领域，通过靶向药物联合介入治疗使部分中晚期患者获得手术机会。该中心参与制定《中国肝癌诊疗规范》，承担国家科技重大专项课题，近三年肝癌患者5年生存率提升至42.6%。
东部战区总医院
作为全军肿瘤中心所在单位，该院肿瘤科建立了肝癌全程管理体系。配备PET-MRI融合影像系统，可识别1cm以下微小病灶。在国内较早开展载药微球栓塞治疗（DEB-TACE），联合钇-90放射栓塞技术提高局部控制率。其特色技术包括三维可视化手术规划系统辅助的肝切除、人工智能辅助的放疗靶区勾画。医院建有肝癌生物样本库，开展ctDNA动态监测指导个体化治疗，研究成果发表于《Hepatology》等国际期刊。
南京鼓楼医院
该院肿瘤科是国家临床重点专科，拥有瓦里安TrueBeam和CyberKnife立体定向放疗系统。在肝癌综合治疗方面，形成以放疗联合免疫治疗为特色的治疗方案，尤其适用于合并门静脉癌栓的复杂病例。科室开展经颈静脉肝内门体分流术（TIPS）治疗肝癌合并门脉高压患者，建立日间化疗病房实施HAIC（肝动脉灌注化疗）。医院参与国际多中心临床试验，肝癌放疗相关研究获江苏省科技进步一等奖。
江苏省肿瘤医院
作为省级肿瘤专科医院，设有肝胆胰外科和肿瘤内科两大肝癌诊疗团队。拥有数字减影血管造影（DSA）复合手术室，常规开展腹腔镜解剖性肝切除、ALPPS分阶段肝切除术。在药物治疗方面，建立肝癌新药临床试验基地，开展双免疫联合、CAR-T细胞治疗等前沿探索。医院推行全程个案管理模式，提供营养支持、癌痛规范化治疗等特色服务，年肝癌手术量超800例。
南京市第二医院
该院肝病科为江苏省医学重点学科，在肝炎相关性肝癌诊治方面具有独特优势。开展FibroScan无创肝纤维化评估，建立肝癌高危人群筛查体系。配备射频消融联合免疫治疗的日间治疗中心，对早期肝癌实施微创。医院设有肝癌介入治疗中心，常规开展TACE联合靶向药物序贯治疗，建立肝癌患者全程电子健康档案管理系统，实现治疗过程动态监测与方案优化。
