南京治疗肾结石比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院等。其中，江苏省人民医院泌尿外科设备，拥有多种微创碎石技术；南京鼓楼医院结石专科年手术量超千例，配备全套德国进口碎石系统；东部战区总医院采用多学科联合诊疗模式，对复杂肾结石病例具有丰富经验。
1、江苏省人民医院
江苏省人民医院泌尿外科是重点专科，肾结石年手术量位居华东地区前列。科室配备瑞士第四代EMS碎石清石系统、德国多尼尔体外冲击波碎石机等设备，常规开展经皮肾镜、输尿管软镜等微创手术。针对不同性质结石采用个性化治疗方案，复杂结石一次手术清除率达92%以上。医院设有结石成分分析实验室，可为患者提准的术后预防指导。
2、南京鼓楼医院
南京鼓楼医院泌尿外科结石诊疗中心拥有独立的结石病区，年完成各类碎石手术1300余例。中心引进了目前的科医人钬激光碎石系统，可实施超微通道经皮肾镜手术，创口仅3毫米。针对鹿角形结石等疑难病例，创新应用三维重建导航技术，显著提术性。医院还建立了结石预防门诊，通过24小时尿液代谢评估为患者制定长期管理方案。
3、东部战区总医院
东部战区总医院采用泌尿外科与肾内科、影像科多学科协作模式，在复杂肾结石诊疗方面形成特色优势。医院拥有双导管体外冲击波碎石平台，可同时处理多部位结石。对于合并肾功能不全的患者，独创阶梯式碎石方案，在清除结石的同时大限度保护肾功能。近年开展的超声引导下穿刺技术，使经皮肾镜手术出血量减少40%。
4、南京市第一医院
南京市第一医院泌尿外科是南京市级重点专科，在结石微创治疗领域具有区域影响力。科室配备有奥林巴斯电子输尿管软镜系统，对2厘米以下肾结石可实现无创清除。针对儿童肾结石患者，开展改良式mini-PCNL手术，创伤更小恢复更快。医院还建立了结石患者随访数据库，为术后患者提供五年跟踪管理服务。
5、南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院泌尿外科设有结石专病门诊，年完成各类碎石手术800余例。科室引进了国内首台结石智能定位系统，可自动识别结石空间位置。对于肥胖患者肾结石，创新应用仰卧斜位联合穿刺技术，显著提术成功率。医院还开展结石代谢评估项目，通过基因检测为遗传性结石患者提准预防方案。
