南京治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、江苏省人民医院、南京市儿童医院、东南大学附属中大医院、南京鼓楼医院。这些医院在自闭症诊断、康复训练和综合治疗方面积累了丰富经验，能够为患者提供专业医疗服务。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是江苏省重点专科，设有专门的自闭症诊疗中心。医院配备的行为观察系统和评估工具，采用国际通用的ADOS和ADI-R诊断标准。治疗方面结合应用行为分析、结构化教学和感觉统合训练等方法，形成系统化干预方案。医院定期开展家长培训课程，帮助家庭掌握科学的康复技巧，建立长期的家庭干预体系。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科发育行为专科在自闭症早期筛查和干预方面具有优势。医院开展多学科协作诊疗模式，由儿科、心理科、康复科专家共同参与评估和治疗方案制定。医院引进了的虚拟现实技术用于社交技能训练，同时提供语言治疗、作业治疗等专业服务。针对不同年龄段患者，医院设计了阶梯式康复计划，从基础能力培养到社会适应训练形成完整体系。
3.南京市儿童医院
南京市儿童医院儿童保健科设有自闭症专病门诊，拥有完善的评估设备和专业的治疗团队。医院采用TEACCH结构化教育法结合游戏治疗的方式，注重培养患儿的生活自理能力和社会交往技能。医院建立了从诊断到康复的全程管理流程，定期进行评估和方案调整。同时开展同伴介入治疗项目，通过典型发展儿童示范引导，促进自闭症儿童社交能力发展。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经发育中心在自闭症共患病诊治方面经验丰富。医院配备全套标准化评估工具，能够准确识别自闭症谱系障碍及其伴随问题。治疗上采用个体化方案，结合药物治疗、行为矫正和家庭指导等多种手段。医院特别关注自闭症患儿的情绪行为问题管理，开发了针对攻击行为、刻板动作的专业干预课程。
5.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院儿童心理行为中心建立了自闭症早期筛查和干预网络。医院引进了国际的早期介入丹佛模式，针对幼儿期患者开展密集行为干预。治疗环境设计充分考虑自闭症儿童特殊需求，配备专业的感觉统合训练室和社交技能训练室。医院与多所特殊教育机构合作，为学龄期患儿提供医教结合服务，实现治疗与教育的无缝衔接。
