南京治疗小儿抽动症比较好的医院有南京脑科医院、南京儿童医院、江苏省中医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院。这些医院在小儿神经系统疾病诊疗方面具有丰富经验，配备专业儿科神经科和康复团队，能够为患儿提供多学科联合诊疗服务。
南京脑科医院在小儿抽动症诊疗领域处于地位，拥有完善的儿童神经心理评估体系。医院儿童心理卫生研究中心年接诊抽动症患儿超千例，采用药物干预结合行为，针对不同病程阶段制定个体化方案。特色诊疗项目包括神经反馈治疗、经颅磁刺激等非药物，对难治性病例建立多学科会诊机制。
南京儿童医院神经内科设有专门的抽动症专病门诊，配备视频脑电图监测系统。医院采用国际通用的耶鲁综合抽动严重程度量表进行评估，建立从诊断到康复的全流程管理。特色在于将传统药物治疗与感觉统合训练相结合，针对共患多动症或强迫症的患儿开展综合干预，年开展抽动症相关诊疗2000余例。
江苏省中医院儿科开展抽动症中西医结合治疗已有20余年历史。医院创新采用耳穴贴压配合中药熏蒸，自主研发的静心止痉方临床超过80%。特色治疗体系包含针灸推拿、五行音乐等非药物干预手段，对减少西药具有明显优势，近年开展儿童抽动症临床研究项目5项。
东南大学附属中大医院儿科神经专科开展儿童抽动障碍生物反馈治疗。医院引进国际的脑电生物反馈仪，通过神经调节训练改善患儿症状。诊疗特色在于建立学校-家庭-医院三方联动模式，提供认知行为治疗家长培训课程，对抽动症共患情绪障碍的干预效果显著优势。
南京市第一医院儿科采用阶梯式治疗方案管理小儿抽动症。医院配备儿童神经电生理检查室，根据症状严重程度分级干预，轻度病例优先采用心理行为治疗。特色项目包括团体沙盘治疗和正念训练，对学龄期儿童的情绪调节和社交功能改善效果明显，近年参与制定省级抽动症诊疗共识2项。
