巴中市治疗性功能障碍比较好的医院有巴中市中心医院、巴中市第一人民医院、巴中市中医院、巴中市妇幼保健院、巴中市恩阳区人民医院等。其中，巴中市中心医院作为综合性三甲医院，泌尿外科设备，诊疗经验丰富；巴中市第一人民医院设有男科专科门诊，注重个体化治疗方案；巴中市中医院采用中西医结合，在调理身体机能方面具有特色。
巴中市中心医院泌尿外科是川东北地区重点学科，配备尿动力学检测仪、阴茎血流多普勒等专业设备。该科室开展夜间勃起功能监测、海绵体药物注射试验等特色检查，对器质性与心理性性功能障碍的鉴别诊断准确率高。医院采用药物、物理治疗与行为相结合的模式，近年引进低强度冲击波治疗仪，对血管性勃起功能障碍患者显著。门诊实行预约分诊制度，保护患者隐私，年接诊量超过2000例。
巴中市第一人民医院男科门诊独立设置，拥有国际标准的诊疗环境。科室开展国际勃起功能指数问卷评估、激素水平检测等系统化检查，针对糖尿病等基础疾病引发的性功能障碍建立多学科会诊机制。治疗方面除常规药物外，开展真空负压装置治疗、阴茎血管活性药物注射等物理，对中重度患者提供可膨胀型假体植入手术咨询。医院定期举办男性健康讲座，建立患者随访档案，治疗达85%以上。
巴中市中医院男性病科将中医辨证施治与现代诊疗技术结合，开发出益肾通络方等院内制剂。通过脉诊、舌诊进行体质辨识，配合针灸关元、肾俞等穴位改善局部血液循环。科室引进中药熏蒸治疗仪，将淫羊藿、肉苁蓉等药材通过离子导入作用于会阴部位。对于心理因素导致的功能障碍，开展耳穴压豆配合情志调理，形成独特的中西医结合诊疗体系，患者满意度调查显示复发率低于同类机构。
巴中市妇幼保健院设立男性健康管理中心，重点关注育龄夫妇生殖健康问题。针对性功能障碍伴发不育症患者，提液质量分析、性激素检测等全套评估。治疗上采用阶梯式方案，从生活方式干预到药物调理循序渐进，特别对年轻患者强调心理疏导。医院配备生物反馈治疗仪，通过可视化训练改善控精能力，每年举办夫妻共同参与的康复指导课程，帮助200余对夫妇改善性生活质量。
巴中市恩阳区人民医院泌尿外科近年完成标准化改造，新增男性功能康复治疗室。科室开展RigiScan阴茎硬度测量、交感神经功能检测等特色项目，建立电子化病历管理系统实现用药。针对农村患者常见慢性前列腺炎合并性功能障碍的情况，独创四联结合盆腔理疗，有效改善局部充血症状。医院与省级医院建立远程会诊通道，对复杂病例提供转诊绿色通道，基层首诊准确率提升至78%。
