首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入（微创）诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名，是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点（培育）学科、北京市重点学科。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，多次承担国家“十一·五”支撑计划、“863”计划、国家自然科学基金、卫生部公益性项目、国家科技部之国际合作项目、“九·五”攻关项目、北京市科委重点科研项目。每年与中国医师协会消化医师协会共同主办“北京国际消化疾病论坛”、承办卫生部委托的“全国消化医师进修班”，同时不定期举办不同层次的胃镜、结肠镜、EUS、ERCP沙龙及“手把手”培训班，“‘友谊’消化直通车万里行”被批准为“卫生部第二轮十年百项计划”，学员们在经过“手把手”的培训后，临床技能有了长足的进步，为带动发展边远、基层的医疗卫生机构做出了一定的贡献。

消化科工作人员团结协作，积极进取，连续多年被评为医院先进科室，2008年被评为全国“三八”红旗集体，2007年被评为医院先进党支部、北京市卫生局五四红旗团支部，2006年度被评为全国学习型先进班组、北京市学习型班组先进单位。2011年5月，获批消化疾病癌前病变北京市重点实验室。

2003年，由首都医科大学附属北京友谊医院消化内科、肝病及普外科强强联合成立了北京市消化疾病中心，进一步突出了在消化系统疾病诊治方面的综合优势。提出了“急重症直通快车、疑难病一站服务、癌前疾病干预阻断、医教研齐头并进”的宗旨。北京市消化疾病中心除以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入（微创）诊断和治疗为特色外，还突出了胃肠及肝胆胰腺疾病的手术及腹腔镜治疗、少见和疑难肝病的诊断和治疗、慢性肝病肝纤维化及早期肝硬化的诊断和治疗、门静脉高压症的外科治疗、原发性肝癌的早期诊断和多学科系统综合治疗、肝移植及术后乙型肝炎复发的预防和治疗。