上海交通大学医学院附属瑞金医院呼吸内科建于1952年，迄今已届60余年。在中国肺脏病学专家孙桐年、胡曾吉、邓伟吾、黄绍光、万欢英等教授的带领下，科室长期从事呼吸系统疾病临床、科研和教学任务。瑞金医院呼吸科在临床工作中，不断创新，积累经验，服务病人。上世纪50年代开展的硬质气管镜检查，70年代开展的纤维支气管镜检查、80年代睡眠呼吸疾病的诊治、90年代建立的呼吸重症监护室都是当时国内率先开展的单位之一。
进入21世纪以来，科室发展突飞猛进，先后开展了内科胸腔镜、EBUS等前沿技术。科室临床领域的成绩得到了同行和社会的广泛认可，连续10年获得先进集体，2010年荣获上海市呼吸内科质控检查第1名，2012年获国家临床重点专科，2012年度全国医院最佳专科排名中获第9名。“危重型哮喘时血CO2适度增高性通气治疗”和“睡眠呼吸暂停的临床研究”等多次荣获上海市科技进步奖和上海市医学科技奖。在突发公共卫生事件（如SARS、H1N1）和重大医疗保障（唐山大地震、汶川大地震、上海世博会）中担负重任，并因此荣获多项全国、省部级先进集体和个人奖）。
呼吸科拥有丰富的专家资源，曾经或正在担任中华医学会呼吸病分会全国副主委和中央保健局专家、上海医学会肺科学会主委、副主委；上海康复医学会副委以及中华结核与呼吸杂志副主编等职，参与制订哮喘、慢性咳嗽、COPD、睡眠呼吸疾病和社区获得性肺炎等诊疗指南和共识。
瑞金医院现任科主任时国朝教授，副主任李庆云教授和周敏教授。共有医护人员近100余名，其中具有高级职称的医师13名，博士生导师4名，硕士生导师4名。在上海交通大学教学示范基地的评选中，呼吸科病区在瑞金医院始终名列前茅，2012年更荣获上海交通大学医学院教学示范病区第一名。共毕业研究生100余名，举办全国呼吸医师高级进修班40届，结业学员1200余名。
呼吸科现有床位110张(含急诊留观床位10张)，拥有独立的门急诊，年门急诊量14万余人，其中外地病人约占25%～30%，疑难危重疾病的收治率达40%左右。拥有上海交通大学医学院呼吸病和感染病研究所，卫生部内镜培训、临床药理、住院医师规范化培训和国家临床药师培训等4个国家级基地，上海交通大学医学院慢性气道疾病诊治中心、睡眠监测、疑难胸腔疾病会诊、胸腔疾病介入诊疗、呼吸重症病5个诊疗中心及7个专病门诊。
呼吸科是国家教育部重点学科（内科学），近年来承担国家973科技攻关计划，国家科技部支撑计划，国家重大疾病专项课题，国家自然科学基金，上海科委重大课题等课题多项。另外，瑞金医院呼吸科20年来连续参与多个大型国际多中心临床药物研究，如ANSORP、SAVE、TORCH、START、GOAL、JMEN等。分别在AmJRespirCellMolBiol、AmJPhysiolLungCellMolPhysiol等高水平杂志发表多篇SCI论文。
呼吸科急诊位于瑞金医院急诊大楼一楼，由急诊抢救室、急诊留观室和急诊诊室组成，重症患者在急诊抢救室内接受治疗，拥有高素质的医护队伍，保证了抢救的质量，每天接应全市急救车运送的重症患者。急诊留观室主要对需要留院观察的患者进行进一步的观察和治疗。急诊诊室患者就诊量大，平均每月达3000～6000左右的就诊人次。呼吸科急诊由专业的呼吸科医生组成，因此保证呼吸急危重症患者得到及时和专业的诊断和治疗。呼吸科急诊和呼吸科病房开展了绿色通道，对于疑难病例和需要入住RICU的患者进行及时讨论和收治，保证了患者的安全。
呼吸科门诊包括普通门诊、专病门诊和专家门诊3个层次。呼吸科普通门诊位于瑞金医院门诊大楼5楼A区，最多可开诊5个诊间，开诊时间从周一至周六，由呼吸科高年资医师坐诊，其中有多名副高级职称以上的医师，每天的门诊量400-500人左右，位于上海市三级医院呼吸科的前列。呼吸科门诊共有7个专病门诊，具体见专病门诊介绍。呼吸科专家门诊包括一般专家门诊（门诊大楼13楼）、特约专家门诊和特需专家门诊，具体见专家门诊介绍。
肺功能室位于感染呼吸科大楼（36舍）一楼，技术力量雄厚，设备先进，环境舒适。由1名专职医师、2名技术员和1名呼吸治疗师组成。配备有各种大型及便携式肺功能仪，能进行临床诊断需要的各种项目测定。包括肺通气功能、残气容积、弥散功能、呼吸力学(气道阻力)、支气管激发试验、舒张试验、运动肺功能等。新型的一氧化氮分析仪，采用国际最先进的系统，进行呼出气一氧化氮测定，为气道炎症性疾病，特别是哮喘的诊断和治疗提供简便、可靠的数据。
肺功能室还承担参与了大量的临床科研工作，包括国家“十五”和“十一五”课题，上海市课题及国际多中心药物临床研究；承担上海交通大学医学院诊断学肺功能部分的见习和内科学实习带教。
六楼病区核定床位40张，共有主任医师2人，主治医师2人，住院医师8人，护师（士）16人。诊断和治疗慢性气道疾病、感染性疾病、肺血管疾病、呼吸睡眠障碍疾病等，以疑难胸腔疾病的鉴别诊断为特色。
六楼病区护理人员在迎世博300天窗口服务、质量万里行、上海市护理质量督察、医学院护理质量自查等多次检查中成绩优异，获得医院护理部好评。
七楼病区核定床位29张，主任医师1人，主治医师2人，住院医师6人，护师（士）14人（包括胸腔介入中心专职护士）。诊断和治疗肺、胸腔恶性肿瘤、间质性疾病、感染性疾病等，以化疗为基础的多学科肺癌治疗为特色。
七楼病区护理人员根据七楼化疗病人多的特点，开展了PICC（经外周置入的中心静脉导管）和PORTS（中央静脉输液港）新技术，减轻化疗病人静脉穿刺的痛苦，提高了病人的生活质量。
八楼病区是呼吸特需病房，专为需要高端服务的病人设置，核定床位20张。主任医师1人，主治医师1人，住院医师5人，护师（士）10人。除病区主任负责病人的诊治外，呼吸科的资深专家也参加每周的医疗查房，为患者提供最优质的医疗服务。
八楼病区护理人员强调细节管理，由床位护士电话随访每个出院病人，邮寄化验和检查结果，延伸医疗服务，多次受到病人好评。
九楼病区是呼吸危重症监护病房（RICU），创建于1993年，是国内最早的RICU之一，常规床位10张，另有2张负压病房。主任医师1人，主治医师2人，住院医师6人，护师（士）20人。抢救ARDS、呼吸衰竭、重症感染、重症支气管哮喘和重叠综合症成功率达到国内领先水平。
RICU护理人员不断在临床工作中总结经验，提出金点子防坠床标记已在全院推广；改进压疮动态图，使得文件书写中皮肤情况的描写准确率达到98%。
从上世纪80年代自行设计仪器对睡眠呼吸暂停的诊治开始到2001年睡眠中心的扩建，科室睡眠呼吸疾病诊疗中心一致处于国内领先水平，目前中心拥有国际领先的睡眠呼吸检测和治疗设备，设有10张睡眠监测床位，能同时为8-10名患者提供服务，专职技术员3名，还开设专病门诊进一步为患者服务。
呼吸科实验室依托于上海交通大学附属瑞金医院感染病和呼吸病研究所。以常见和多发呼吸疾病为研究对象，紧密结合基础研究与临床研究，认识呼吸疾病的发病机理和发展规律，探索呼吸疾病的诊治要点，并成为培养我国呼吸疾病防治人才的重要平台。
呼吸科实验室配备有EcroScreen呼出气冷凝水收集器、动物肺功能仪、Real-timePCR仪、荧光显微镜、细胞涂片机、细胞培养箱等先进的仪器设备。
