颌骨囊肿的治疗方法一般是手术治疗。
对于发现较早、较小中等的颌骨囊肿，一般是一次性手术切除，这个手术的目标主要是切除颌骨囊肿形成的上皮，因为上皮残留、上皮组织的分泌形成了囊液，压迫性吸收是囊肿形成的机理，所以手术的主要目的是要清除囊肿内壁的上皮组织，当然清除上皮组织不能残留，这也是为了防止它复发的可能。
但还有一种颌骨囊肿合并感染的病人，这种病人不能马上手术，应先控制感染后再考虑手术，这是一种是病人囊肿范围较广，波及范围大，手术切除有可能形成病理性骨折，这种病人一般采取两次手术的办法。
所以，颌骨囊肿要根据每个人不同情况，采取不同的方式来治疗。
颌骨囊肿会癌变吗颌骨囊肿会癌变这个问题其实很多患者都是比较关心的，但是总的来讲颌骨囊肿发生癌变的几率是非常低的，一般通过外科手术的治疗能得到很好的一个。临床上根据组织来源，颌骨囊肿分为牙源性颌骨囊肿和非牙源性颌骨囊肿。牙源性颌骨囊肿中有一种叫牙源性角化囊肿的，该囊肿大的特性就是具有局部侵袭性，具有肿瘤的一个特性，哪怕采用手术治疗也有显著的复发性，复发率在3%-60%左右，反反复复发作的话就容易引起恶变。如今新版教材已经将牙源性角化囊肿，更名为牙源性角化囊性瘤，不属于颌骨囊肿的范畴了，而其他颌骨囊性病变一般是极少发生恶变的。
