浙江大学医学院附属第二医院比较好的科室有：急诊医学科、健康管理中心、眼科、神经外科、心血管病科、烧伤科、超声医学科。
1、急诊医学科
国内早成立的急诊中心之一，国家临床重点学科，全国佳急诊医学专科连续排名前5，全国专科声誉排名：top4。
2、健康管理中心
护理团队专业体检设备，国内脂肪肝防治中心，健康管理示范基地旗舰单位，全国专科声誉排名：top5。
3、眼科
国家临床重点专科国家重点（培育）学科，浙江医学支撑学科，眼科诊疗手术水平国内、国际，全国专科声誉排名：top5。
4、神经外科
浙江省成立早的神经外科，国家重点实验室培育基地，年手术量（含介入）位居国内前列，全国专科声誉排名：top5。
5、心血管病科
国家临床重点专科，浙江心血管内科临床教学、科研指导中心，浙江心血管内科支撑学科，全国专科声誉排名：top6。
6、烧伤科
国内早成立的烧伤专科之一，浙江省医学重点学科，救治成功率（LA50）达94%，全国专科声誉排名：top9。
7、超声医学科
中国超声造影培训基地，国家临床重点建设专科，连续5年进入专科综合排行榜前十，全国专科声誉排名：top9。
