小儿支原体肺炎的治疗与一般肺炎的治疗原则基本相同，采取综合治疗措施，包括一般治疗、对症治疗、抗生素的应用、肾上腺皮质激素以及肺外并发症的治疗等五个方面。一般治疗就是呼吸道隔离，由于支原体感染可造成小流行，而且患儿病后排支原体的时间较长，可达1-2个月之外，对患儿会有密切接触史的小儿应尽可能做到呼吸道隔离，以防止再感染和交叉感染，保持室内空气新鲜，供给消化营养丰富的食物及足够的液体，保持口腔卫生及呼吸道通畅，经常给患儿翻身拍背，变换体位，促进分泌物排出，必要时可适当的吸痰，排出黏稠分泌物。对症处理祛痰的目的在于使痰液变稀薄，易于排出，否则易增加细菌感染的机会，除加强翻身、拍背、雾化、吸痰以外，可选用祛痰剂，还有就是平喘，对喘憋严重的可选用支气管扩张剂，如氨茶碱口服，也可用舒喘灵吸入治疗，另外就是抗生素的应用以及肾上腺皮质激素的应用。
