非甾体类抗炎药如吲哚美辛、布洛芬等，主要用于缓解子宫内膜异位症引起的疼痛，尤其是痛经。对于轻度疼痛的患者，在月经期间服用非甾体类抗炎药可以有效减轻疼痛症状。但需要注意的是，长期服用此类药物可能会对胃肠道造成损伤，如引起胃溃疡、胃出血等。
避孕药也是治疗子宫内膜异位症的一种选择，对于轻度的患者，可以选择短效避孕药，如炔雌醇环丙孕酮片、屈螺酮炔雌醇片等。避孕药通过抑制排卵，减少雌激素的产生，从而使异位的子宫内膜萎缩，达到缓解症状的目的。然而，避孕药也有一定的，可能会影响月经周期，导致月经不调等情况。
孕激素如甲羟孕酮、甲地孕酮等，同样可以造成闭经，改善症状。孕激素通过抑制子宫内膜的生长，使异位的子宫内膜萎缩。对于轻度和中度痛经患者，可以选择孕三烯酮，它能够抑制卵巢雌激素合成，使异位的内膜萎缩。但孕激素类药物长期使用可能会增加心血管疾病的风险。
促性腺激素释放激素激动剂如亮丙瑞林、戈舍瑞林等，能够使卵巢分泌性激素减少，使体内出现低雌激素状态，出现暂时性的闭经。此类药物适用于症状较为严重的患者，但也相对较大，费用较高。
手术治疗适用于病情较重、疼痛剧烈、药物治疗无效或不适宜继续进行药物治疗的患者。对于有生育要求的患者，可以选择保留生育功能的手术，主要用于年轻、有生育要求者。保留子宫及附件（尽量保留双侧），只是切除病灶，分离粘连，重建卵巢，修复组织。近年来应用显微外科手术，切除异位病灶，仔细缝合创面，重建盆腔腹膜，仔细止血，冲洗，使手术效果臻于完善，提术后妊娠成功率，降低复发率。
对于对生育没有太大要求的患者，可以采用保留卵巢功能的手术，即对子宫和病灶全切，但尽可能保留一侧正常的卵巢组织，以避免绝经期症状过早出现。一般认为半术后复发率低，后遗症少。切除子宫可去除具有活力的子宫内膜细胞种植的来源，从而可减少复发机会。
对于年龄已经到了绝经期而且病情相当严重的患者，应实行全子宫及双侧附件切除的性手术。手术时尽可能避免卵巢内膜囊肿破裂。囊液流出时应尽快吸尽，冲洗。
保守治疗的三阶梯为不同病情的患者提供了多种选择。第一阶段，疼痛不明显，无生育要求患者，可口服一些非甾体类止疼药，缓解疼痛治疗。第二阶段，比较小的治疗，可以用一些中成药治疗或是口服避孕药治疗。第三阶段，比较大，费用高。可以使用一些促性腺激素释放激素的类似物，如GnRHa 类药物。
保守治疗相对手术治疗来说，创伤较小，费用相对较低。但保守治疗难以子宫内膜异位症，可能需要长期用药，且存在一定的。同时，对于病情较重的患者，保守治果可能不佳。
手术治疗可以直接切除病灶，对于病情较重的患者效果显著。但手术治疗创伤较大，术后恢复时间较长，可能会对患者的生育功能产生影响，且存在一定的复发风险。手术费用也相对较高。
在选择治疗方法时，应根据患者的年龄、症状、生育要求等因素综合考虑，制定个性化的治疗方案。
