慢性萎缩性胃炎的病理诊断主要是通过胃镜检查取活检组织进行检测。如果在显微镜下观察到黏膜固有腺体减少、肠上皮化生等情况，则可确诊为慢性萎缩性胃炎。
1.黏膜固有腺体减少：正常情况下，胃黏膜由表面上皮细胞和腺体细胞组成，在显微镜下可以看到大小不等的凹陷状黏膜小窝，属于腺体结构。而发生慢性萎缩性胃炎时，由于炎症刺激导致部分或全部腺体被破坏，因此可见黏膜固有腺体数量明显减少的情况。
2.肠上皮化生：是指正常的胃黏膜被幽门螺杆菌感染后逐渐出现十二指肠样改变，即胃黏膜固有层增生活跃，其中杯状细胞增多，黏膜上皮变为细长的小肠型黏膜上皮所替代。此时可在显微镜下看到假复层菌丝、网织纤维以及残存的腺体等现象。
除此之外，若发现核质比例倒置、肌上皮细胞肥大等情况也可辅助判断是否患有慢性萎缩性胃炎。当患者明确存在慢性萎缩性胃炎后，应积极遵医嘱服用阿莫西林胶囊、奥美拉唑肠溶片等药物治疗。
