真菌性鼻窦炎并非必须立即手术，是否手术需根据感染类型、症状严重程度及并发症风险综合评估。临床处理方式主要有药物保守治疗、鼻内镜手术清除病灶、术后抗真菌治疗、定期影像学复查、调整免疫状态等。
对于非侵袭性真菌性鼻窦炎或无症状的真菌球型感染，通常优先尝试药物保守治疗。鼻用糖皮质激素可减轻黏膜水肿，生理盐水冲洗有助于清除分泌物，口服抗真菌药物如伊曲康唑可能对部分病例有效。这类患者需密切随访，若3-6个月后病灶未缩小或出现头痛、视力变化等症状，再考虑手术干预。
当出现侵袭性真菌性鼻窦炎、眶内或颅内侵犯迹象、药物治疗无效或引发严重鼻塞出血时，需限期行鼻内镜手术。手术旨在清除坏死组织和真菌团块，术中可联合两性霉素B局部灌洗。糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂者等高风险人群，若合并急性暴发性感染，可能需急诊手术以防止失明、脑膜炎等致命并发症。
术后应持续监测体温、视力及神经系统症状，规范使用伏立康唑等抗真菌药物4-6周。日常需控制血糖、避免潮湿环境暴露，过敏性体质者应减少霉菌接触。出现持续黄绿色脓涕、面部胀痛加重或发热时须及时复诊，免疫功能低下者建议每3个月复查鼻窦CT。
