治疗男科疾病比较专业的医院有北京大学第一医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、广州医科大学附属第一医院、四川大学华西医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院等。以下重点介绍前三家医院。
1.北京大学第一医院
北京大学第一医院泌尿外科是国家重点学科，设有独立的男科诊疗中心。该中心配备尿动力学检测仪、显微取精设备等仪器，开展阴茎假体植入术、显微精索静脉结扎术等特色技术。年门诊量超过5万人次，在男性不育症诊疗领域达到国际同步水平，建立了一套完整的男性生育力评估体系。医院采用多学科协作模式，将男科与生殖医学、内分泌等学科有机结合。
2.上海交通大学医学院附属仁济医院
上海仁济医院男科是华东地区规模大的男科诊疗中心之一，拥有国内男性生殖健康评估实验室。科室在阴茎弯曲矫正术、精囊镜技术等方面具有明显优势，年手术量逾2000台。特别在男性性功能障碍治疗方面，创新性地将低强度冲击波治疗与真空负压系统结合应用。医院配备有全自动精液分析系统和阴茎血流检测设备，可完成30余项男性专项检查。
3.广州医科大学附属第一医院
广医一院男科是广东省重点专科，在显微男科手术领域处于地位。科室常规开展显微镜下输精管吻合术、精索静脉曲张微创手术等，手术成功率保持在95%以上。特别在男性整形方面，独创"三线定位法"阴茎延长术式。医院设有男性功能康复中心，配备生物反馈治疗仪、阴茎硬度测量仪等专业设备，形成了一套完整的术前评估-手术治疗-术后康复体系。
其他专业男科医疗机构还包括华西医院泌尿外科，其男性不育诊疗中心开展睾丸穿刺取精等前沿技术；武汉同济医院男科在复杂性尿道狭窄治疗方面经验丰富，年完成尿道成形术300余例。这些医院均配备完善的男科专科设备，能够提供规范的诊疗服务。
