治疗男科比较专业的医院有北京大学第一医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、中山大学附属第一医院、四川大学华西医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院等。以下重点介绍前三家医院。
1.北京大学第一医院
北京大学第一医院泌尿外科是国家临床重点专科，设有独立的男科诊疗中心。医院配备尿动力学检查仪、阴茎血流多普勒检测系统等设备，可开展阴茎假体植入术、显微精索静脉结扎术等复杂手术。年门诊量超过8万人次，在男性不育症诊疗方面建立了一套完整的评估体系，包括精液分析、精子功能检测等项目。医院参与制定了多个男科疾病诊疗指南。
2.上海交通大学医学院附属仁济医院
仁济医院泌尿外科拥有180年历史，其男科亚专业组年手术量逾3000台。医院设有男性生殖实验室，可开展精浆生化、精子DNA碎片率等特殊检测。在阴茎弯曲矫正术、精道重建术等领域具有技术优势，拥有3项男科相关国家发明专利。医院建立了前列腺炎分层诊疗方案，针对不同类型患者采用个体化治疗策略，临床超过85%。
3.中山大学附属第一医院
中山一院泌尿外科是国家重点学科，男科专业组配备有全套男科检查设备。在显微取精技术方面处于国内地位，非梗阻性无精子症患者的精子获取率达60%以上。医院开展阴茎血管重建术、精囊镜技术等特色项目，建立男性性功能障碍多学科联合诊疗模式。近五年承担男科相关课题12项，发表SCI论文40余篇。
其他专业男科医疗机构还包括华西医院泌尿外科，其在西南地区率先开展精索静脉曲张显微手术；同济医院男科中心建立ED三级诊疗体系，拥有国际标准的夜间勃起监测系统。这些医院均具备成熟的男科疾病诊疗体系，患者可根据实际情况选择就医。
