国内专业男科医院较多，以下列举部分具有代表性的医疗机构：北京大学第一医院男科中心、上海交通大学医学院附属仁济医院男科、中山大学附属第三医院男科、华中科技大学同济医学院附属协和医院男科、四川大学华西医院男科。其中综合实力突出的前三家医院如下：
1.北京大学第一医院男科中心
作为国家临床重点专科，该中心设有男性不育、性功能障碍、前列腺疾病等亚专业组，配备精液分析仪、阴茎血流检测仪等设备。年门诊量超过8万人次，开展显微取精术、阴茎假体植入术等高难度手术。科研方面承担国家重点研发计划项目，近五年发表SCI论文40余篇。医院建立标准化男科实验室，精液分析通过WHO认证，检测结果国际互认。
2.上海交通大学医学院附属仁济医院男科
华东地区规模大的男科诊疗中心，拥有12间独立诊室和3间手术室。特色技术包括精囊镜手术、精索静脉显微结扎术等，其中精囊镜年手术量居全国前列。医院开设男性生殖健康联合门诊，实现泌尿外科与生殖医学多学科协作。实验室获CNAS认证，可开展精子DNA碎片检测等53项男科专项检查。近年参与制定《中国男性不育诊疗指南》等5项行业规范。
3.中山大学附属第三医院男科
广东省重点学科，设立前列腺疾病、男性性功能障碍等6个专科门诊。配备国际标准的男科手术室，可开展腹腔镜精索静脉高位结扎、阴茎弯曲矫正等微创手术。医院建立华南男性生育力保存库，开展精子冷冻保存技术。在慢性前列腺炎诊疗领域形成特色方案，相关研究获国家自然科学基金项目支持。年完成男科手术1500余例，并发症率低于行业平均水平。
4.华中科技大学同济医学院附属协和医院男科
中南地区早成立的独立男科之一，拥有2000平方米诊疗区域。开设男性更年期、男性生殖整形等特色门诊，配备Rigiscan阴茎硬度检测系统等进口设备。在阴茎硬结症治疗方面采用药物注射联合冲击波的综合，超过85%。医院参与编写《男科手术学》等教材，培养专业技术人员200余名。
5.四川大学华西医院男科
西南地区男科诊疗中心，年门诊量逾6万人次。建立从青少年到老年男性的全生命周期健康管理体系，特别在男性激素替代治疗领域具有优势。拥有3D超声定位前列腺穿刺活检系统，穿刺阳性率高于常规方法12%。开展各类男科手术年均1000余例，其中阴茎假体植入术五年随访满意度达92%。实验室通过ISO15189认证，检测项目覆盖男性生育力评估全流程。
上述医院均具备三甲资质，设独立男科病区，拥有系统化的诊疗规范和完整的质量控制体系。患者可根据地域分布、疾病类型选择相应医疗机构，建议提前通过官方渠道预约专科门诊。
