甲状腺微波消融术的缺点主要有术后局部水肿、喉返神经损伤、甲状腺功能减退、消融不完全、术后感染等风险。
甲状腺微波消融术后可能出现局部组织水肿，导致颈部肿胀和压迫感。水肿通常在术后1-3天内达到高峰，可能伴随轻微疼痛或吞咽不适。多数患者水肿可在1-2周内自行消退，但少数可能持续更久。术后冰敷和抬高头部有助于缓解症状，严重时需医生评估是否需药物干预。
手术过程中微波热效应可能波及邻近的喉返神经，导致声音嘶哑或发音困难。暂时性神经损伤发生率较高，多数在3-6个月内恢复。性损伤较罕见，但可能需嗓音康复训练或手术修复。术前影像评估神经走行位置可降低风险。
消融范围过大可能破坏过多甲状腺组织，引发甲减症状如乏力、怕冷、体重增加等。术后需定期监测甲状腺激素水平，部分患者需长期服用左甲状腺素钠片（如优甲乐）替代治疗。术前精确计算消融体积有助于保留足够功能性组织。
对较大结节或多发病灶可能存在消融盲区，导致残留活性病灶继续生长。术后需通过超声造影或穿刺活检确认消融效果，必要时需二次手术补充消融。术前三维规划及术中影像引导可提高完全消融率。
尽管属于微创手术，仍存在穿刺部位感染风险，表现为红肿热痛或发热。严格无菌操作下发生率低于1%，但糖尿病患者或免疫力低下者风险增高。轻度感染可通过头孢克洛胶囊等抗生素控制，严重脓肿需切开引流。
术后应避免剧烈运动1周以防止出血，定期复查甲状腺超声和功能。饮食注意补充优质蛋白如鱼肉蛋奶促进组织修复，限制海带紫菜等高碘食物摄入。出现持续发热、呼吸困难或声嘶加重需立即就医。长期随访对及时发现甲减或复发至关重要，建议术后1、3、6、12个月各复查一次。
