北京大学第三医院比较好的科室有：生殖医学科、临床药学科、妇产科、骨科、病理科、康复医学科、整形外科、消化病科。
1、生殖医学科
诊疗规模大，技术全面，国内首批生殖医学临床培训基地，连续3年专科及声誉两项第一。全国专科声誉排名：top1。
2、临床药学科
国家临床重点专科，首批获中国医院药学奖优秀团队，连续四年临床药学专科第一。全国专科声誉排名：top1。
3、妇产科
国家教委重点学科，首批211工程重点学科，达到国内外水平，全国专科声誉排名：top3。
4、骨科
重点学科，教育部“创新团队”称号，国内实力强的骨科中心之一，全国专科声誉排名：top4。
5、病理科
国家临床重点专科，全国大型疑难病例病理诊断中心之一，第一批继续教育基地，全国专科声誉排名：top7。
6、康复医学科
国家临床重点专科，康复医学质控中心，连续4年专科声誉排名第七，全国专科声誉排名：top7。
7、整形外科
新中国整形外科专业科室，医教研无缝衔接研究型整形外科学科，国家临床重点专科，全国专科声誉排名：top9。
8、消化病科
首批国家临床重点专科，国内开展消化镜检早单位之一，开创国内多项内镜第一，全国专科声誉排名：top10。
