全国好的传染科医院有：复旦大学附属华山医院、浙江大学医学院附属第一医院、中国医学科学院北京协和医院、南方医科大学南方医院和上海交通大学医学院附属瑞金医院。
第一名、复旦大学附属华山医院：
复旦大学附属华山医院创建于1907年，前身为中国人自办的中国红十字会总医院暨医学堂，为中国培养了早一批现代医学人才。如今，复旦大学附属华山医院是国家卫生健康委委属医院、复旦大学附属医院和中国红十字会冠名医院。1992年，医院首批通过国家三级甲等医院评审，是国内著名、具国际化特色的医教研中心之一。
二、浙江大学医学院附属第一医院：
浙江大学医学院附属第一医院建院于1947年，是浙江大学创建的附属医院，秉持“严谨求实”的精神内核，以综合实力雄厚、医疗质量过硬、学科特色鲜明享誉海内外。医院是首批“辅导类”国家医学中心创建单位、全国公立医院高质量发展试点单位、国家传染病医学中心、综合类别国家区域医疗中心牵头单位、建立健全现代医院管理制度试点医院。拥有总部一期(余杭)、庆春院区、之江院区、城站院区、大学路科教基地和钱塘转化基地，总占地面积519.3亩，开放床位5000余张，职工10000余人。
三、中国医学科学院北京协和医院：
北京协和医院是北京协和医学院的临床学院。中国医学科学院的临床医学研究所，是卫生部指定的全国疑难重症诊治指导中心之一。医院学科齐全、技术力量雄厚，医、教、研、管全面发展，以多学科的综合优势享誉海内外。
四、南方医科大学南方医院：
南方医科大学南方医院是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国百佳医院。系南方医科大学(原第一军医大学)第一附属医院、第一临床医学院。医院创建于1941年，2004年8月随大学由军队移交广东省。南方医院综合排名在国内排行榜中稳定在15名左右，有15个专科进入中国佳专科排行榜(复旦版)前十或得到提名，是国家(创伤)区域医疗中心、广东省高水平医院“登峰计划”首批重点建设单位和国家区域中医(风湿病科)诊疗中心。
五、上海交通大学医学院附属瑞金医院：
上海交通大学医学院附属瑞金医院建于1907年，原名广慈医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院占地面积11万平方米，建筑面积37万平方米，绿化面积4万平方米，核定床位1893张(实际开放2139张)，全院职工4402人，其中卫生专业技术人员3841人，占员工总数87.3%。拥有中国科学院院士陈竺、陈国强，中国工程院院士王振义、陈赛娟、宁光等一大批在国内外享有较高知名度的医学专家，其中王振义院士荣膺2010年度国家高科学技术奖。
