地方性甲状腺肿大通常是由于缺碘引起的。碘是合成甲状腺激素的重要原料，长期碘摄入不足会导致甲状腺代偿性增生，形成甲状腺肿大。地方性甲状腺肿大的发生与自然环境缺碘、饮食结构单一、碘盐摄入不足等因素有关。
土壤和水源中碘含量低是导致地方性甲状腺肿大的重要原因。山区、高原等地区由于地质原因，土壤和水源中碘含量普遍较低，生长在这些地区的农作物和饮用水含碘量也相应减少。长期生活在这些地区的居民，如果未通过其他方式补充碘，就容易出现碘缺乏。
以当地自产食物为主的单一饮食结构容易导致碘摄入不足。海产品如海带、紫菜、海鱼等含碘丰富，但在内陆地区或经济欠发达地区，这些食物摄入量较少。长期缺乏含碘丰富的食物，加上主食中碘含量低，容易造成碘缺乏。
未食用加碘盐或加碘盐使用不当是常见原因。我国自1995年起实行全民食盐加碘政策，但在一些偏远地区，可能仍存在未普及加碘盐或居民储存、使用食盐不当的情况。高温烹饪、长期暴露于潮湿环境等都会导致食盐中碘的流失。
青少年、孕妇等特殊人群对碘的需求量增加。青春期生长发育迅速，孕妇要为胎儿提供碘，这些情况下如果碘摄入不足，更容易出现甲状腺肿大。这类人群需要特别注意碘的补充。
除碘外，硒、铁等微量元素缺乏也可能影响甲状腺功能。硒是甲状腺激素代谢的重要辅助因子，铁缺乏会影响甲状腺过氧化物酶的活性。这些营养素的缺乏虽然不是直接原因，但会加重碘缺乏的影响。
预防地方性甲状腺肿大，有效的方法是保证充足的碘摄入。建议食用加碘盐，适量增加海带、紫菜等富碘食物的摄入。孕妇、青少年等特殊人群可在医生指导下适当补充碘剂。同时要注意均衡饮食，保证其他营养素的摄入。对于已经出现甲状腺肿大的患者，应及时就医，在医生指导下进行治疗，不可自行服用碘剂或甲状腺激素类药物。定期进行甲状腺功能检查，监测病情变化也很重要。
