结肠镜检查过程中可能会有一定不适感，但多数患者可以耐受。检查前会使用镇静药物减轻痛苦，检查时肠道充气可能引起腹胀或短暂绞痛。
结肠镜检查的不适程度因人而异。检查前医生会通过静脉注射镇静剂帮助患者放松，部分人可能在药物作用下进入浅睡眠状态。肠镜通过肠道弯曲部位时可能引发牵拉感，类似轻微腹痛。肠道充气扩张以便观察黏膜，可能产生胀气或想排便的感觉。现代肠镜设备管径较细且可弯曲，大幅降低穿孔风险。多数患者描述不适为短暂且可控，类似严重腹泻前的腹部绞痛。
少数敏感体质或肠道结构异常者可能反应较强。既往有腹部手术史导致肠粘连的患者，肠镜通过瘢痕区域时疼痛可能加剧。炎症性肠病急性发作期检查时，充气可能加重黏膜刺激。极度紧张或痛阈较低的人群，即使使用镇静剂仍可能感到明显不适。这类情况可提前与医生沟通，选择无痛肠镜方案。
检查后1-2天内宜进食低渣软食，避免辛辣刺激食物。适当散步帮助排气，出现持续腹痛或便血需及时就医。建议45岁以上人群定期进行结肠镜检查，早期发现息肉等病变能显著降低肠癌风险。
