南京治疗甲状腺癌比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、江苏省肿瘤医院、南京市第一医院等。其中江苏省人民医院是江苏省综合实力强的三甲医院，甲状腺外科年手术量超千例；南京鼓楼医院甲状腺疾病诊治中心配备有达芬奇机器人手术系统；东部战区总医院在甲状腺癌综合治疗方面具有丰富经验。
江苏省人民医院
江苏省人民医院甲状腺外科是江苏省临床重点专科，拥有独立的甲状腺疾病诊疗中心。科室开展甲状腺癌术、腔镜甲状腺手术、射频消融等全系列诊疗技术，年手术量位居华东地区前列。医院配备有术中神经监测系统、超声刀等设备，在保留甲状旁腺功能及喉返神经保护方面具有技术优势。多学科协作团队为患者提供规范化诊疗方案，早期甲状腺癌五年生存率达98%以上。
南京鼓楼医院
南京鼓楼医院甲状腺外科是南京市医学重点学科，开展甲状腺癌诊疗已有60余年历史。科室配备3D腹腔镜、超声刀、纳米碳示踪等设备，常规开展经口腔前庭入路腔镜手术、侧颈淋巴结清扫等复杂手术。医院建立了甲状腺癌全程管理体系，从术前评估到术后随访形成标准化流程。近年来开展甲状腺癌基因检测和靶向治疗研究，为晚期患者提供更多治疗选择。
东部战区总医院
东部战区总医院普外科甲状腺专业组在甲状腺癌诊治方面具有鲜明特色。医院拥有PET-CT定位、射频消融等设备，对甲状腺微小癌的早期发现和治疗具有丰富经验。针对局部晚期甲状腺癌，开展联合气管切除重建等高难度手术。医院参与制定多项甲状腺癌诊疗指南，在放射性碘治疗和术后管理方面形成系统化方案。
江苏省肿瘤医院
江苏省肿瘤医院头颈外科是全省甲状腺癌诊疗中心之一。医院专注于甲状腺恶性肿瘤的综合治疗，常规开展甲状腺全切术、中央区淋巴结清扫等标准术式。拥有放射性碘治疗专用病房和SPECT/CT设备，在分化型甲状腺癌术后核素治疗方面经验丰富。医院参与多项甲状腺癌临床研究，为复发转移患者提供新型靶向药物临床试验机会。
南京市第一医院
南京市第一医院普外科甲状腺专业组年完成甲状腺手术800余例。医院配备高清腔镜系统和术中快速病理检查设备，在甲状腺癌的早期诊断和微创治疗方面具有优势。开展甲状腺癌BRAF基因检测，为手术方案制定提供分子病理依据。医院建立了甲状腺癌患者随访系统，提供长期内分泌治疗指导和复发监测服务。
