卵巢肌肉来源肿瘤的预后因肿瘤性质、分期及治疗方式差异较大，良性肿瘤预后通常良好，恶性肿瘤需结合病理类型和早期干预效果评估。
卵巢平滑肌瘤等良性肌肉来源肿瘤经手术完整切除后复发概率极低，患者五年生存率接近百分之百，术后仅需定期超声随访。交界性或低度恶性潜能肿瘤完整切除后多数可长期无进展生存，但需延长随访至十年以上监测复发迹象。高度恶性的卵巢横纹肌肉瘤或平滑肌肉瘤预后较差，即便接受肿瘤细胞减灭术联合放化疗，晚期患者五年生存率仍不足百分之三十，肿瘤对化疗的敏感性及手术性是关键影响因素。分子靶向治疗的应用可能改善特定基因突变患者的生存期。
肿瘤分期是影响预后的核心因素，一期患者接受规范治疗后五年生存率可达百分之七十以上，而三期以上患者生存率骤降至百分之二十左右。病理亚型中胚胎性横纹肌肉瘤较腺泡状横纹肌肉瘤更具侵袭性。术后残余病灶超过一厘米会显著增加复发风险。年轻患者因耐受强化治疗可能获得更好预后。基因检测提示ALK或PDGFRA突变者可能从相应靶向药物中获益。
建议确诊后尽快由妇科肿瘤专科团队制定个体化方案，术后每三个月复查肿瘤标志物和影像学检查。保持适度运动增强免疫力，避免高雌激素食物摄入，心理疏导有助于改善治疗依从性。参加临床试验可能为复发患者提供新治疗选择。
