晨跑更适合提升心肺功能和减脂效果，夜跑则有助于缓解压力和改善睡眠质量。选择需结合个人作息、运动目标及环境条件。
晨跑时人体经过一夜休息，基础代谢率较低，此时运动可更快启动脂肪供能系统，对减脂人群效果更明显。清晨空气中污染物较少，含氧量较高，有利于提升心肺耐力。但晨起时关节灵活度较差，需充分热身预防损伤，高血压患者需警惕晨峰现象。夜跑时核心体温较高，肌肉柔韧性更好，运动表现力可能提升。傍晚时段睾酮和皮质醇比例更优，有利于肌肉合成。夜间运动能消耗日间积累的压力激素，促进褪黑素分泌，对改善睡眠障碍有帮助。但夜间光线不足需注意，高强度夜跑可能引起神经兴奋反而影响入睡。
晨跑需注意避免空腹运动引发低血糖，可少量进食易消化食物。夜跑应安排在晚餐后1-2小时，避免胃肠不适。雾霾天气应优先选择室内运动，极端温度下需调整运动时间。存在心血管疾病者应避免清晨剧烈运动，糖尿病患者需防范运动后夜间低血糖。持续超过1小时的运动建议补充电解质饮料，无论晨跑夜跑都应做好动态热身和静态拉伸。
建议根据自身生物钟规律选择运动时段，保持每周3-5次、每次30-60分钟的锻炼频率。运动前后监测心率变化，佩戴反光装备保障夜间。若出现持续胸闷或关节疼痛，应及时调整运动方案并咨询专业医师。长期坚持规律跑步时，时段选择对健康收益的影响差异会逐渐减小，关键在保持科学运动习惯。
