全国好的呼吸科医院有：广州医科大学附属第一医院、中日友好医院、四川大学华西医院、中国医学科学院北京协和医院和上海交通大学医学院附属瑞金医院。
第一名、广州医科大学附属第一医院：
广州医科大学附属第一医院创建于1903年，是一所大型三级甲等医院，也是广州呼吸健康研究院、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、呼吸疾病国家重点实验室所在医院。2018年入选为广东省“登峰计划”首批单位、国家“疑难病症诊治能力提升工程”，2020年，国家呼吸医学中心正式挂牌，2021年，大坦沙院区成为广州实验室临床基地。承担着省市乃至国家突发公共卫生事件及紧急医疗救援任务，特别是在抗击非典、禽流感以及新冠疫情等突发事件中，为国家和社会做出了重要贡献，深受广大群众信赖，享誉海内外。2020年，钟南山院士被授予“共和国勋章”;在《2021年中国佳医院排行榜》中，我院排名全国第31位，呼吸专科连续13年专科;2021年，中国“医院100强”排行榜位居全国第26位。
第二名、中日友好医院：
中日医院现编制床位1610张(含北区、西区),集医疗、教学、科研和预防保健等功能为一体,并承担中央保健医疗任务、国家紧急医学救援任务,附设中日友好临床医学研究所,是国家呼吸医学中心、国家中西医结合医学中心,是国家高质量发展试点医院、国家高水平医院临床研究和成果转化能力试点单位,是国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家远程医疗管理与培训中心、国家远程医疗与互联网医学中心、国家基层远程医疗发展指导中心、卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心。
医院以呼吸医学、中西医结合医学、器官移植、肿瘤综合治疗为主线。内分泌科、胸外科、中医风湿病科、中西医结合肿瘤内科、中医肺病科、临床护理、呼吸与危重症医学科、肛肠科、风湿免疫科、急诊医学科、老年病科、疼痛科、肾病科、神经外科、心脏科、皮肤科、泌尿外科、消化科(含内镜中心)、普外科(肝胆外科)19个科室及专业被评为国家临床重点专科建设项目。
第三名、四川大学华西医院：
四川大学华西医院(简称华西医院)始建于1892年，是国家三级甲等综合医院、中国西部疑难危急重症诊疗的中心、中国著名的高等医学学府，也是中国的医学科学研究和技术创新的基地，综合实力处于国内、国际行列。
医疗院区占地577余亩，业务用房约58万平方米，直属2个医疗院区，编制床位4300张，有48个临床科室(含5个专病中心)、12个医技科室;设专科、专病门诊200余种，开展58个疑难多学科联合门诊、27个罕见病专科门诊、30个住院MDT;收治疑难复杂病种患者比例在80%以上，出院患者病例组合系数(CMI)1.47，排名全国第二;全院微创手术占比21.20%，四级手术占比37.33%，每年四级手术总量位列全国第三;2021年门、急诊量775万人次，出院病人28.3万人次，手术19.6万台次，平均住院日6.52天;在成人活体肝脏移植、肺癌外科和微创治疗、心脏介入治疗、脑神经外科及功能神经外科、中西医结合治疗重症胰腺炎、胃肠微创手术、临床麻醉、功能磁共振、核医学等多个领域处于国内乃至领先水平。
第四名、中国医学科学院北京协和医院：
北京协和医院是北京协和医学院的临床学院。中国医学科学院的临床医学研究所，是卫生部指定的全国疑难重症诊治指导中心之一。医院学科齐全、技术力量雄厚，医、教、研、管全面发展，以多学科的综合优势享誉海内外。
第五名、上海交通大学医学院附属瑞金医院：
瑞金医院建于1907年，原名广慈医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院占地面积12万平方米，建筑面积30万平方米，绿化面积4万平方米，核定床位1693张(实际开放2100余张)，全院职工3776人，其中医师996余人(正副教授及各类高级科技人员396人)。拥有中国科学院院士陈竺、陈国强，中国工程院院士王振义、陈赛娟、宁光等一大批在国内外享有较高知名度的医学专家，其中王振义院士荣膺2010年度国家高科学技术奖。
