硒对甲状腺的作用主要是参与甲状腺激素的合成与代谢，并帮助保护甲状腺组织免受氧化损伤。硒元素通过硒蛋白的活性形式发挥作用，主要有调节甲状腺功能、减轻自身免疫性甲状腺炎炎症、维持甲状腺稳态等作用。
1、参与激素合成
硒是甲状腺过氧化物酶的重要成分，该酶催化甲状腺激素T4向活性形式T3的转化。缺硒可能导致甲状腺激素合成障碍，出现甲状腺功能减退症状如乏力、怕冷等。临床常用硒酵母片、亚硒酸钠片等补硒制剂辅助治疗甲状腺功能异常。
2、抗氧化保护
甲状腺是人体含硒量高的器官之一，硒通过谷胱甘肽过氧化物酶等抗氧化酶，中和甲状腺滤泡中产生的过氧化氢，防止自由基对甲状腺细胞的损伤。这种保护作用对桥本甲状腺炎患者尤为重要，可减缓甲状腺组织破坏进程。
3、调节免疫反应
硒能抑制甲状腺过氧化物酶抗体的产生，降低自身免疫性甲状腺疾病的炎症反应。研究表明，适量补硒可改善桥本甲状腺炎患者的抗体水平，常用药物如硒代蛋氨酸胶囊配合左甲状腺素钠片治疗。
4、维持甲状腺稳态
硒与碘代谢密切相关，既能促进碘的有效利用，又可防止碘过量引起的氧化应激。这种双向调节作用有助于维持甲状腺功能的平衡状态，对地方性甲状腺肿和Graves病均有积极意义。
5、辅助抗癌作用
部分研究显示硒可能通过抑制血管生成和细胞增殖，降低甲状腺癌的发生风险。但需注意补硒剂量控制，过量可能产生毒性，临床联合用药时常选择硒蛋白多糖胶囊等缓释剂型。
日常可通过食用巴西坚果、海产品、动物内脏等富硒食物补充，但甲状腺疾病患者应在医生指导下确定补硒方案。同时保持均衡饮食，避免同时大量摄入影响硒吸收的高硫食物如西兰花。定期监测甲状腺功能和血硒水平，出现甲状腺肿大或功能异常症状时及时就医，不可自行长期大剂量补硒。
