寻找发生生化妊娠的原因，需要从着床失败的原因开始分析。在胚胎发育和着床过程的任何一个阶段发生异常均有可能导致着床障碍。
着床失败实质上是由比较复杂的病因导致的，由于着床过程极为复杂并且收到诸多因素的精细调控，现阶段还不可能明确每一例着床失败的确切病因，其主要由母胎因素、胚胎因素以及二者对话异常所致。
母体因素包括子宫内膜容受性降低（宫腔结构异常、输卵管积水、内膜菲薄或形态欠佳、内膜容受性相关分子表达异常等）、免疫学异常、高凝状态或易栓症等；胚胎着床能力下降主要是由于胚胎染色体异常、非整倍体胚胎、不良的培养环境等导致的；而胚胎与内膜的对话开始达成免疫相容和新生血管形成，从而完成种植过程，二者间的对话异常可能导致着床失败的发生。
在着床和早期胚胎发育过程中，母体和胎儿组织间的免疫相容和免疫排斥是一个动态平衡的过程，任何打扰因素打破了这种平衡，都可能导致生化妊娠。
临床中有25%-30%的概率会生化妊娠，所以孕前一定要谨防以下这几点：
1.子宫内膜厚度与容受性
子宫内膜是胚胎种植的“土壤”，是正常受孕的关键部位，内膜厚度、形态及其容受性都影响着妊娠结局。
2.母体激素水平
母体内各种激素对排卵、受精、着床各个过程都有一定影响，但激素水平和生化妊娠的相关机制目前尚不十分清楚。
E2和LH与妊娠的结局关系密切，其浓度也影响生化妊娠的发生，就目前研究结果分析，E2过高或者过低均会影响生化妊娠的发生，因此确定临界值尤为重要，此外LH也与生化妊娠有关，但母体激素作用机制尚不清楚，有待进一步的研究。
3.卵子质量
卵子质量直接影响胚胎的质量，从而与生化妊娠发生相关。
4.胚胎质量
胚胎的质量往往通过其种植能力与种植后的发育能力影响妊娠结局。
5.胚胎染色体
胚胎染色体对胚胎质量存在一定的影响，但是对与生化妊娠的关系并不大。
6.其他
有研究表明生化妊娠与患者年龄及既往生化妊娠或流产史有关，免疫因素可能也是影响生化妊娠的发生因素。还有学者提出生化妊娠可能与男性年龄和精液质量有关。
